我国从取消产品市场的价格双轨制以来,统一的、竞争的产品市场现已基本形成,但要素市场的市场化改革进程仍然相对滞后,并且普遍存在土地、资本、劳动力等生产要素市场扭曲的现象,使得这些要素的价格长期偏离其均衡水平,进而导致我国的要素市场发生扭曲。尤其在工业部门,表现出更为突出的要素价格扭曲现象。本文基于中国工业企业的要素扭曲程度以及对工业企业自主创新产生的影响展开了相关的理论与实证研究。本文运用生产函数方法对资本要素市场和劳动力市场扭曲程度进行了测算,发现我国资本和劳动力要素价格均存在负向扭曲,且呈现缓慢上升态势。然后利用我国大中型工业企业1997-2011年省际面板数据验证了要素市场扭曲对工业企业自主创新的影响及区域差异。结果表明,我国要素市场扭曲对大中型工业企业R&D资本投入和R&D人力投入的影响并不相同,抑制了R&D资本投入增长,而促进了R&D人力投入；但对两者的影响都存在显著的区域差异。同时本文研究发现要素市场扭曲对R&D人力投入的影响前后呈现差异,并且该影响在我国加入WTO后呈现明显下降趋势。由此说明,我国要素市场的迅速发展进一步加快了劳动力市场的合理流动,进而对要素市场扭曲对企业R&D人力投入的影响显著降低。本文研究发现,要素市场扭曲是导致区域之间企业R&D投入产生差异的重要原因,而当自身因素改善时,要素市场扭曲对R&D投入的影响效应得到明显改善。这表明,各地区为提升企业自主创新能力时,一方面需要促进我国要素市场的发展使得企业R&D投入提升,另一方面则可以通过提高人力资本水平与对外开放程度、促进财政收入与经济发展、以及明晰产权制度等措施来有效改善要素市场对企业R&D投入的扭曲效应,因而促进企业自主创新能力的提升。