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菊花（Chrysanthemum×morifolium）是菊科（Compositae）菊属（Chrysanthemum L.）多年生草本植物，已有1600多年的栽培历史，是我国十大传统名花之一。菊花变异丰富，适应能力强，分布广泛，遗传背景十分复杂。这给菊花种质资源的调查与保护、鉴定与分类、遗传多样性分析等带来了较大困难。因此，建立一种简单、有效和快捷的目的基因标记技术对菊花种质资源鉴定和遗传多样性研究具有重要意义。本研究利用来源保守DNA序列多态性（CDDP）标记技术，探讨53个不同花径、瓣型、花色类型的菊花种质资源的遗传多样性，为菊花品种分类和鉴定提供重要依据。主要结论如下：1、采用正交试验设计对引物浓度（设4个梯度0.25μM、0.5μM、0.75μM、1.00μM）及模板DNA浓度（40ng、60ng、80ng、100ng）进行2因素4水平的优化，建立了适合菊花的CDDP-PCR反应体系。反应总体系为20μL，其中包括2×Es Taq MasterMix（含染料）10μL，10μM引物各1μL，DNA模板100ng，ddH2O补充至20μL。2、筛选19条带型清晰、明亮、多态性好的CDDP引物对53份菊花材料进行扩增。共扩增出241个条带，其中223个为多态性条带，多态性比率高达92.53%，扩增片段大小在250～4500bp之间。19条CDDP引物共扩增出19条特异性条带，特异性比率7.88%。结果表明，CDDP标记技术信息含量丰富，能较好的揭示菊花材料间的遗传多样性。3、CDDP引物WRKY-R3可区分样品最多，为49个，WRKY-R2B区分样品最少，为2个，引物的Rp值分别为9.4716和1.0943，平均4.8342。引物的Rp值和可鉴定的样品数呈正相关（y=6.2866x4.0747，r=0.9401）。至少需要2条引物组合（如WRKY-R2和WRKY-R3）可以完全区分53份菊花材料。4、利用POPGENE1.32软件对菊花种质资源各位点的平均观察等位基因数（Na），有效等位基因数目（Ne），Nei’s基因多样性指数（He）以及Shannon信息指数（I）进行计算。结果显示，53份菊花材料的平均观察等位基因数（Na）为1.9253，平均有效等位基因数（Ne）为1.4333。平均Nei’s遗传多样性指数（He）为0.2629，平均Shannon信息指数（I）为0.4065。53份菊花材料的遗传距离介于0.0601（‘罗西白’与‘罗西鲜’）～0.7267（菊花脑与野菊）之间，平均为0.3585。表明菊花遗传背景比较复杂，材料间存在较丰富的遗传多样性。5、根据NTSYS2.10e软件计算的样品间的遗传相似系数矩阵，根据UPGMA法对CDDP扩增结果作聚类分析，以0.732为阈值把53份菊花材料分为6组。第1组包括30个大菊品种和2个小菊品种。第2组包含了16小菊品种。第3组包括2个小菊品种，分别是‘小粉匙’和‘孔雀菊’。菊花脑、野菊、毛华菊各单独聚为一类，分别在组4、组5、组6。栽培菊品种基本按照花径聚类，与瓣型、花色无直接相关性。聚类分析和主坐标分析所得结果基本一致，但是，主坐标分析能从不同方向、不同层面更加直观地显示各种质或群体的关系。