本论文应用RAPD、ISSR、SRAP三种标记技术分析了23个香菇菌株的遗传多样性。应用rDNA- ITS序列分析技术评价了16个灵芝菌株遗传多样性。应用SRAP标记技术对以赤芝05和赤芝06为亲本的原生质体融合子进行了鉴定,主要结果如下:1.以23个香菇菌株菌丝体DNA为材料,采用16个RAPD引物,5个ISSR引物及23个SRAP引物组合及PCR技术,分别扩增出138、77、144个DNA条带,其中多态性条带分别为81、56、81,多态性比率分别为58.8%、73.5%、56.3%,表明供试香菇菌株间存在一定的遗传差异,具有一定的遗传多样性。基于RAPD标记数据的类平均聚类分析(UPGMA)表明:23个香菇菌株两两间的相似系数范围是0.57~1之间。23(香九)与其他菌株的相似系数最小,最早于其他菌株分开;其它22个菌株在相似系数0.80以上分为二组,第1组共有17个菌株,包括为1(申香2号)、2(申香4号)、3(申香6号)、4(申香9号)、5(申香7号)、6(申香8号)、7(申香10号)、8(申香12号)、9(苏香)、10(武香1号)、11(L26))、12(L03)、13(L66)、17(Cr02)、18(Cr04)、19(闽丰1号)、20(沪农1号),主要来自上海农科院食用菌研究所和福建三明真菌所,且多为中高温早熟型。第2组为14(241)、15(241-4)、16(庆科20)、21(浙香939-9)、22(浙香939-6),主要来自浙江庆元食用菌科研中心和丽水食用菌研究开发中心,多为中低温晚熟型。基于RAPD、ISSR、SRAP及三种标记综合分析所得到数据的UPGMA聚类结果基本一致,聚类图具有类似的结构,且与系谱关系相一致,表明三种标记技术均可用于香菇菌株遗传多样性分析。出自同一育种机构的菌株优先聚在一起,菌株间相似系数较高。上述表明23个香菇菌株的遗传多样性水平较低,彼此之间亲缘关系较近。2.以16个灵芝菌株菌丝体DNA为材料,采用ITS5/ITS4引物及PCR技术,扩增各菌株ITS序列。扩增序列遗传多样性分析表明,16个灵芝菌株转录间隔区(ITS1+ITS2)对位排列后总长度为490bp的序列中,共有139个变异位点,占28.3%,其中IST1和1TS2变异位点数目分别为66和73;保守位点数为351,占71.7%;59个信息位点,占12.0%;16个灵芝菌株在多处发生转换和颠换现象,共86个转换位点(G-A, C-T),13个颠换位点(C-G,T-A),ITS1区的转换/颠换比值高于ITS2区,而ITS2的变异位点多于ITS1变异位点.采用DNAman分析软件对16个灵芝菌株的ITS序列进行比对分析,发现供试菌株的遗传距离在0.000-0.121之间,树舌灵芝与灵芝F-1的遗传距离最小,为0.000,两者可能为同种异名菌株;黒芝02与惠州的遗传距离最大,为0.121;黒芝02与京大的遗传距离为0.117,与薄盖灵芝的遗传距离为0.120。采用MEGA(version 2.1)软件将16个灵芝菌株分成4个类群。第一类群共12个菌株,包括信州、惠州、京大、灵芝902、灵芝F-1、仙芝、美罗、圆芝、泰山灵芝、树舌灵芝、赤芝05、黄边灵芝;黑芝02、紫芝01两个聚为一个类群;薄盖灵芝和中芝分别独立聚为一个类群。上述结果显示,灵芝16个菌株各聚类组间存在一定得遗传差异,但组内菌株间遗传多样性水平较低,彼此之间亲缘关系较近。3.应用原生质体融合技术以赤芝05和06为亲本进行育种研究,经拮抗试验验证共得到30个融合子,并以赤芝05和赤芝06融合子及亲本DNA为材料,采用153个SRAP引物组合对融合子进行筛选鉴定,共筛选到4个清晰稳定、且含有两个亲本各自特异DNA条带的SRAP引物组合。将其用于融合子鉴定,结果表明:除共有条带外,2个只与亲本赤芝05有拮抗的融合子产生了赤芝06的特异条带;2个只与亲本赤芝06有拮抗的融合子产生了赤芝05的特异条带;在30个与双亲均有拮抗的融合子中,有7个融合子中同时出现双亲特异条带,即此7个融合子为双亲原生质体融合子。