兵团农业在集约化程度、规模化水平、现代农业技术推广等方面处于全国领先水平；然而,薄弱的二、三产业严重影响着兵团的发展后劲。国务院[2007]32号文件指出“要发挥兵团集约化生产优势,支持兵团加快推进新型工业化,巩固和提高农业,加快发展二、三产业,形成有竞争力的主导产业发展新格局”。2009年6月,兵团党委做出“加快兵团经济大调整、大转变”的重大决策。从中央和兵团党委的决策部署出发,在分析兵团资源禀赋和三次产业发展现状的基础上,运用比较优势理论、产业选择理论,通过SWOT分析、比较优势分析、主成分分析以及对比分析等定性和定量相结合的研究方法,研究了兵团各垦区产业优势和竞争力,从兵团、南北疆垦区、各农业师三个层面选择其支柱产业和主导产业,构建兵团新产业体系。研究认为,棉花产业、养猪业、采矿业、农副食品加工业、纺织业、批发和零售业等可作为兵团支柱产业,葡萄和红枣产业、养牛业、非金属矿物制造业、旅游业和进出口贸易等产业可作为兵团主导产业。从兵团产业发展总体上看,天山北坡垦区三次产业竞争力最强,产业体系初具规模。南疆垦区的农一师和农二师采矿业和农副食品加工业优势明显,可作为其支柱产业,而第三产业仍很弱小,但上述垦区依托较好的制造业基础和旅游业发展的机遇,可将非金属矿物制造业、住宿和餐饮业作为主导产业。边境垦区除农四师和农五师的纺织业和食品制造业有较强竞争力,可作为支柱产业外,该区域的二、三产业普遍比较落后；但这一区域有边境口岸,矿产资源丰富,所以可将采矿业、非金属矿物制造业和进出口贸易等有发展潜力的产业作为主导产业。研究建议,兵团应利用自己的农业比较优势和资源特点,选择农业支柱产业,带动农业特色产业,形成各有特色的农业布局体系,加强对弱势产业的扶持。工业化发展路径应以培育主导产业和加速市场化为动力,大力加强改善基础设施；以制度创新和技术创新为根本保证,加快形成一批科技含量高、具有现代管理水平、较强国际竞争力的特色优势产业链和产业群；以主导产业采用绿色工业的新型模式,带动兵团经济走新型工业化道路；适度推进城镇化建设,拓宽第三产业发展领域。