水稻和菰(Zizania latifolia)的远缘渐渗性杂交引起水稻基因组广泛的遗传变化

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远缘杂交在物种形成和进化过程中起着非常重要的作用.前人的研究表明远缘杂交常常伴随着程序化的序列删除.我们首次实现了野生水稻菰(Zizania latifolia)和水稻松前(cv.Matsumae)的渐渗性远缘杂交,并引起了后代表型广泛的变异.先前的研究表明渐渗系后代基因组中存在大量的序列变异.这里我们采用AFLP技术在全基因组范围内检测发生变异的序列.我们选取了3个有代表性渐渗系后代进行研究,共用了112个引物组合,得到了3171条带.在3个渐渗系中都检测到了大量的变异序列,在RZ1中,共得到1981条带,多态性带为583(29.4%)条;在RZ2中共得到2100条带,多态性带为654(31.1%)条;在RZ35中,共得到2098条带,多态性带为686(32.7%)条.通过Southern杂交也检测到基因组中存在大量的序列变异.我们克隆了466条变异序列测序分析,测序结果显示突变的主要形式是碱基替换,只有少量的缺失,插入.BlastX查询结果显示变异序列中,51.3%为非编码序列,14.5%为编码推测蛋白的基因,13.6%为已知功能基因,20.6%为转座子或反转座子.把测序的序列定位到染色体上发现它们在染色体上分布并不均匀,每条染色体上平均变异数量从26.7条到4.7条不等.变异序列在3个渐渗系的同一条染色体上分布也是不相等的.通过T检验证明突变发生在亲本松前胚发育的早期,然后遗传给渐渗系后代.根据AFLP带对渐渗系及亲本进行聚类分析,聚类结果显示渐渗系在遗传距离上发生了变化.
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