近半个世纪以来，物质生产的迅速发展导致城市废水大量直接排入沿海，对沿海海域的生态环境造成严重破坏。红树林湿地是热带、亚热带沿海重要的湿地生态系统，在抵御海浪飓风、维护生态平衡及为人类提供多种原材料等方面具有不可替代的作用。同时，红树林生态系统在清除废水中的有机污染物方面表现出良好的性能，利用红树林来处理有机污染的研究已逐渐展开。 原生动物是分布在各种环境下的单细胞动物，对环境变化非常敏感。原生动物能够通过群落结构的迅速改变来反映生存环境发生的变化，越来越多的研究者把目光集中到利用原生动物(主要是纤毛虫和肉足虫)的生态分布来评价环境质量，从各种环境条件下的生态分布调查到部分种类的毒理研究，各种工作正迅速地得到开展。“污染系统(saprobic system)”法是欧盟国家利用水生动物来评价流动水体(主要指河流)环境质量的生物方法，不少研究者利用原生动物纤毛虫群落也很好地对水域环境做出了适当的评价，且这种方法正逐渐在越来越多的国家得到应用。 本论文对两块用来处理城市废水的不同红树(桐花Aegiceras corniculatum和海桑Sonneratia caseolaris)湿地的土壤原生动物(纤毛虫和肉足虫)群落进行了研究，共鉴定出358个种类，其中纤毛虫242种，肉足虫116种。分别对纤毛虫和肉足虫群落进行研究后，得到如下结果： 1.在观察到的全部纤毛虫种类中，只有3种纤毛虫(Colpoda maupasi、C．steinii和Halteria grandinella)同时出现在两块湿地雨季和旱季的每个采样点土壤中；有72个种出现频率极低，属于“偶见”种，占种类数的29.75％；较小湿地范围内多次采样出现大量“偶见”种，说明湿地中环境在逐渐改变；同时也说明废水带入了种类丰富的细菌提供给“偶见”种作为食物来源。雨季纤毛虫种类数明显高于旱季纤毛虫种类数(P=0.014)，而纤毛虫丰度并没有明显变化，显示处理废水的潜流型湿地土壤中相对较高的含水量更有利于纤毛虫不同种类的生存，但对纤毛虫丰度影响不大。 2.自由泳动型纤毛虫种类数雨季和旱季两块湿地中都要显著高于固着型纤毛虫，但与爬动型纤毛虫无显著差异；氨氮(NH4+-N)的浓度是影响纤毛虫丰度最大的土壤理化因子，极显著(相关系数0.761，P＜0.01)地影响着纤毛虫的丰度。对自由泳动型纤毛虫丰度有显著影响的是可吸收磷和氨氮的浓度(P＜0.05)，对爬动型纤毛虫丰度有显著影响的是土壤C/N(P＜0.05)比，而对固着型纤毛虫有显著影响的也是氨氮(P＜0.05)，说明不同运动型纤毛虫对土壤理化因子的敏感程度不同。 3.两块湿地不同采样点在雨季和旱季的土壤纤毛虫的Margalef多样性指数介于1.06-1.79之间；Shannon-Weaver多样性指数介于5.37-6.59之间；而均匀度介于1.32-1.80之间。相邻样点间纤毛虫群落相似性并不完全是最高的，表明纤毛虫在土壤环境中的分布也具有集群分布特点。 4.在观察到的所有肉足虫种类中，真变形虫目占47％(53种)，是出现种类最多的类群，而泥生目变形虫只找到1种。两块湿地间肉足虫丰度没有显著差异，但在雨季和旱季间有显著性差异(P=0.011)。在同一块湿地的采样点间，雨季和旱季的肉足虫群落结构组成有较大差异，样点间群落相似程度并不随湿地表层下水流流动改变。 5.根据肉足虫群落中各大类群种类数组成情况，利用多维排列方法，分析出各大类群在肉足虫群落构成中的地位，发现无论在桐花湿地还是海桑湿地，真肉足虫在群落内的地位最突出，从种类组成上对应于更重要地位，但各样点的种类数目组成则没有较大差异。 6.两块红树湿地各采样点纤毛虫群落r-选择型和K-选择型种类的比值(C/P值)除了一个样点(桐花湿地样点5)外均小于1，显示红树湿地在处理城市废水过程中的土壤环境比较适合纤毛虫群落的生存。两块湿地对应样点间C/P比值相比较有显著性差异(P=0.014)，显示两块湿地各样点环境对纤毛虫而言有显著性不同。 7.利用“污染系统”法对两块湿地不同样点的土壤质量进行检测，检测结果得出废水流出桐花湿地时土壤质量为相当于水体质量等级的Ⅱ-Ⅲ级，流出海桑湿地时土壤质量等级为Ⅲ级，显示土壤质量还有待提高，要有更长的红树湿地来处理城市废水。