随着国家对科研经费的投入越来越大,管理好、使用好各类科研经费,规范科研课题经费的收入和支出,避免经费管理中出现问题,已经成为影响科研事业单位科研水平和声誉的重要因素。对于中国科学院来说,使用并管理好各类科研经费也成为当前所级单位、课题负责人、行政部门(如科研管理、财务管理等部门)的一项重要任务。不断探索新的科研经费管理模式、逐步完善科研经费管理方式已经成为所级单位科研经费管理相关工作人员的责任。本文以中国科学院A研究所的科研经费管理体系为研究代表,首先,通过对中国科学院A研究所科研经费申请、科研经费执行、科研经费结题验收整个过程的实证研究,阐述了研究所的现状及目前的经费管理方式,指出了在目前实际的科研经费管理过程中中国科学院A研究所存在预算编制不合理、执行与预算脱节、核算要素不完整且核算方法不科学、课题经费结余处理不合理等问题,并分析产生这些问题的根源。然后,本文通过对德国于利希研究中心科研经费管理中科研经费申请、科研经费执行、科研经费验收全过程中优秀经验的借鉴,结合中国科学院A研究所的特点,设立新的科研管理组织机构,建立基于ARP系统的中国科学院A研究所的科研经费管理体系。本文针对中国科学院A研究所的科研经费申请、执行和结题验收过程进行研究,并进行新科研经费管理形式的探索。在科研经费的申请方面,本文注重多部门参与,尤其是财务处的参与。在科研经费的执行方面,本文认为科研经费的执行不能只关注报销管理,同样应该注重核算与财务分析：在报销方面,本文提出的新型科研经费管理体系纠正了A研究所以往存在问题的管理规定；在核算方面,本文运用“财政结转科研成本”会计科目以促进解决以往科研经费结余的问题；在财务分析方面,建议加大对科研经费预算分析并严肃科研经费的调整程序。在科研经费结题验收方面,本文在A研究所科研经费管理团队积极配合经费划拨单位验收审计的基础上,指出科研经费管理考核与评价的重要性：有效的激励措施可以刺激科学的科研经费管理的实施。本文将对ARP系统的应用贯穿于整个科研经费管理的过程中,通过ARP的应用实现了预算模块的设定、预算的录入、会计科目的维护、科研经费信息的推送与监控等。通过新的科研经费管理方式可以有效的建立健全研究所内部科研经费监管机制,避免预算编制不合理、执行与预算脱节、核算要素不完整、核算方法不科学等问题的出现。本文虽就中国科学院A研究所的科研经费管理进行探讨研究,但对中国众多科研事业单位科研经费管理均具有较强的借鉴意义和参考价值。