分化时间较短的物种之间的不完全谱系分选、近缘种之间的杂交以及基因渐渗都会使基因树之间产生冲突，进而对系统发生分析产生影响。锥属(Castanopsis(D.Don)Spach)隶属于壳斗科(Fagaceae)，我国约有60种。锥属内一些物种分布面积广，表型变异大，很多物种的分布范围部分或完全重叠，部分种之间杂交可育，加上复杂的种群历史使得种间界限模糊。因此，无论是依靠表型证据，或者利用传统的分子标记技术都未能解决这个属的系统发生关系。　　为了准确了解锥属物种间的系统发生关系，我们对中国境内锥属物种进行了广泛调查和取样，采集到42个锥属物种和4个外类群（板栗、麻栎、栓皮栎、三棱栎）共94个个体，利用简化基因组(Restriction-site associated DNA sequencing)测序技术在锥属物种的简化基因组水平获得大量的序列信息。采用最大似然法(Maximum Likelihood)和贝叶斯法(Bayes)对锥属物种进行系统发育重建，获得高可信度的系统发生关系。同时在此基础上，利用D-statistic test方法检测物种间的历史基因渐渗，进而了解物种间基因交流对系统发生关系的影响。　　系统发生分析结果表明最大似然树和贝叶斯树拓扑结构一致，均支持锥属物种形成9个支持率较高的分支，其中黧蒴自然群形成一个支系，罗浮自然群形成两个支系，另外此自然群中的鹿角锥与甜槠、米槠形成一个支系，余下的物种形成五个支系。但是在系统发生树中存在同一物种不同群体的个体没有形成一个单系(monophyletic)的现象，而且还有一些分支(clade)支持率很低，这些结果暗示锥属植物某些物种间可能存在基因流。我们利用ABBA/BABA(D-statistic test)检验方法以及Four-population test检验方法来检测锥属物种间是否存在基因交流，进而了解物种间基因交流对系统发生分析的影响。　　D-statistic test和Four-population test同时支持同域分布的甜槠和米槠、红锥和米槠之间存在有极显著的基因流。尽管Four-population test的检测结果支持都匀厚皮锥和大明山罗浮锥、绿春的银叶锥和哀牢山的小果锥之间可能由基因交流，但是D-statistic test的检测结果并不显著，因此还需要采集更多群体样本开展更深入的研究来验证这些物种间是否发生过基因交流。　　从以上结果我们可知锥属某些物种间确实存在基因交流，这也是影响锥属系统发生分析的一个重要原因。