经过二十多年的改革，中国已进入社会结构的全面分化时期，利益和权力将在不同主体之间重新分配，形成诸多不稳定因素。转型期的中国政府不仅面对军事安全、经济安全、信息安全等问题，更要面对公共卫生安全问题。 公共卫生安全是指在一个国家和地区内创造一种安全和健康的工作生活环境，使广大劳动者、旅游者、社区居民的健康与安全得到保障。公共卫生安全问题具有破坏性、不确定性、全球性和可控性四个特征。公共卫生安全问题包括一般公共卫生事件和突发公共卫生事件。由于突发公共卫生事件来势凶猛，反应强烈，社会危害大，而且最能检验政府应急反应机制和处置能力，所以本文以突发公共卫生事件为研究对象，分析当前国内公共卫生安全问题及对策。 本文通过分析我国目前突发公共卫生事件的对策，发现尽管建立了应急反应机制，但在现行体制、运作机制等方面仍然存在一些问题和缺陷。其存在主要问题包括缺乏常设指挥机构，法律法规不健全，公共卫生体系防治力量薄弱，城市流动人口的公共卫生管理问题，公共卫生科学研究基础薄弱等等。其主要原因是由于长期以来，由于我国政府奉行的“效率优先、兼顾公平”的方针，比较强调经济发展，一定程度上忽视了预防、保健、健康教育、应急救治等公共产品的供给，从而导致卫生领域过度市场化，公共财政投入不足。医疗保障体系不完善，缺乏统一的生物医学科研体系和协作机制，也是当前传统的公共卫生安全管理体系未能很好发挥作用的原因之一。 因此，根据现代公共管理理论和危机管理理论，同时借鉴国外发达国家有效应对公共卫生危机的管理经验，文章提出建立新型全面的公共卫生安全管理体系。文章认为，建立全面的公共卫生安全应对机制，需要在强化政府职能、发挥政府主导作用的体制前提下，完善现行的公共卫生安全管理体系，加强公共卫生体系能力建设和运作机制建设，这样才能有效应对公共卫生安全问题，维护人民生命健康和国家社会安全。