2003年8月,美国、加拿大和阿根廷对欧盟就其针对转基因农产品的“事实上的禁止”正式向WTO (World Trade Organization)提起申诉,由此WTO专家小组展开了漫长的调查与裁决过程,专家组的裁决引发了人们对自由贸易与环境保护之间矛盾、风险预防原则的适用以及WTO与多边环境协议关系等问题的讨论。本文就WTO协调自由贸易与环境保护之间矛盾所遇到的困境及出路进行讨论,以期WTO更好地在促进世界贸易自由化的同时加强对环境保护的重视,以减少自由贸易与环境保护之间的矛盾。本文运用案例分析的方法、对比分析的方法进行论述。通过分析自由贸易与环境保护二者之间的本质与产生矛盾的原因以及WTO协调二者之间关系遇到的困境,得出结论认为在WTO体制下协调自由贸易与环境保护之间的矛盾有其适当性,但WTO要借鉴其他一些区域性贸易体系的做法并进一步通过加深谈判来提高其协调自由贸易与环境保护之间关系的能力。