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派琴虫(Perkinsus,或译为拍琴虫)是影响世界,包括中国在内贝类养殖业发展的主要病原之一,为世界动物卫生组织(OIE)规定的必报水生动物疫病。本研究主要选择在我国养殖范围较广的菲律宾蛤仔作为研究对象,在成功建立派琴虫液体巯基醋酸盐培养基(RFTM)培养方法的基础上,借助荧光PCR检测速度快、敏感性高、特异性强的特点,采用派琴虫保守的核糖体DNA ITS2区域设计引物和TaqMan探针,进一步建立了派琴虫TaqMan实时荧光PCR快速检测方法,该方法检测阳性质粒模板DNA的动态范围为1.0×101-1.0×107,检测模拟阳性样品的敏感度达到100拷贝质粒DNA,而且与包拉米原虫、隐孢子虫等其它寄生性原虫无交叉反应,也不受贝类组织DNA的干扰。同时,以RFTM组织培养法为标准,确定TaqMan实时荧光PCR检测派琴虫方法的诊断敏感性为93.81%,诊断特异性为84.21%;利用RFTM与TaqMan实时荧光PCR相结合,对我国辽宁东港16份贝类样品进行检测,结果菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)、文蛤(Meretrix lusoria)体内均检测到派琴虫,在缢蛏(Sinonovacula constricat canarck)中未检测到派琴虫;通过基因进化树分析,证实在我国菲律宾蛤仔、文蛤体内感染的派琴虫均为奥尔森派琴虫(P.olseni),其特异性TaqMan实时荧光PCR方法检测也验证了这一结论。这为我国贝类产品的检测提供了可靠的技术支持,可满足国内养殖场及进出口水生动物体派琴虫感染的检测需要。