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背景和目的：乳腺癌是一种严重危害女性生命健康的肿瘤,它的发病率和致死率在全世界和我国女性中均居恶性肿瘤的首位。流调资料表明,乳腺癌的发病呈一定的家族聚集现象,并且在群体中表现出易感个体差异性和地域差异性,揭示遗传相关的因素在乳腺癌的发病过程和患病风险中起到非常重要的作用。因此,针对特定遗传背景的人群乳腺癌遗传关联分析的研究,能进一步阐明该地区乳腺癌发病的原因,以及评估患乳腺癌的风险并为乳腺癌的预防、诊断过程和后续治疗思路提供科学依据和数据支持。方法：本研究采用候选位点病例对照方案,2011年1月到2014年12月期间收集在陕西地区的汉族健康对照血样583例,561例乳腺癌病例的血样各5m1,分别提取外周血的基因组DNA。并从已发表全基因组关联分析研究(GWAS)、Meta-分析以及别的关联分析研究文献中初步选了48个与乳腺癌发病相关的单核苷酸多态性位点(SNP),应用质谱分型检测技术进行SNP基因多态性分型。运用Plink软件进行卡方检验和利用SNP Stats (http://bioinfo.iconcologia.net/SNPstats_web在线分析软件对实验所得的SNP分型结果进行Logistic回归模型分析。在研究人群中利用SHEsis软件对位点间的连锁程度及单体型进行构建及分析。结果：卡方统计结果显示：发现13个位点rs616488, rs6678914, rs1432679, rs17530068, rs3757318, rs3734805, rs2046210, rs10759243, rs10822013, rs6001930, rs981782, rs4849887, rs704010的基因型频率在此乳腺癌病例和对照中的分布存在显著不同(P<0.05)。SNPStats logistic回归模型经过年龄性别和身体质量指数调整后的分析结果表明9个位点与乳腺癌发病风险有关,其中PEXl4基因上的位点rs616488在显性模型下(C/T,C/C vs T/T)是一个保护性位点,减少了27%的患乳腺癌的风险,其优势率OR=0.73,P=0.015。其余发现的8个位点,在不同logistic遗传回归模型下携带最小等位基因都有不同程度的增加患乳腺癌的风险。当中除了包括七个与之前卡方检验显著的位点HCN1基因上rs981782, RPL17P25-FAM46A基因间的xs17530068, CCDC170基因上的rs3757318和rs3734805,CCDC170-ESR1基因间的rs2046210, KLF4-RPL36AP6基因间的rS107592和ZMIZ1基因上的rs704010与乳腺癌患病风险有关,此外还发现SLC4A7基因上的rs4973768,也与乳腺癌的患病风险相关,但在之前的卡方分析中并没有发现此位点显著。使用SHEsis软件发现五号染色体上RPL26P19-MAP3K1基因间物理位置为56023083的rs16886165和物理位置为56031884的rs889312存在较强的连锁关系,另外还发现了六号染色体CCDC170基因上rs3734805物理位置的151939350与CCDC170-ESR1基因间的rs2046210物理位置为151948366也存在强连锁关系。进一步单体型分析表明,仅六号染色体上两位点形成的单体型“℃T”频率为0.3184,OR=1.31,95%置信区间(95%CI)=1.08-1.58,P=0.006显著增加患乳腺癌的风险。雌激素受体阳性和阴性,孕激素受体阳性和阴性,TNM分期1-2和3-4期亚组分析发现除了整体显著的位点外还发现四个位点：rS10510102和rs3817198分别在雌激素受体阳性和阴性组中发现与亚组乳腺癌的发病风险相关,rS16857609只在孕激素受体阳性组中发现与乳腺癌的发病风险相关。rs3817198和rs1292011分别在乳腺癌1-2期中和3-4期组中被发现与相应亚组乳腺癌的发病风险相关。结论：我们的研究结果表明九个位点(rs616488,rs981782, rs17530068, rs3757318, rs3734805, rs2046210, rs10759243, s2046210, rs4973768)可能跟陕西地区汉族人群乳腺癌的发病风险有关,但结果和机制仍需进一步验证和研究。分层分析还发现五个位点rs10510102, rs3817198, rs13387042, rs16857609 和 rs1292011与不同亚组乳腺癌发病风险相关。我们发现的阳性位点的结果基本与前人研究的一致,不过还是有很多被报道过的位点在本次研究的人群中没有体现出与该地区乳腺癌的相关性。