经费投入问题不仅是一所高校生存与发展的重要影响因素之一，而且从宏观上分析，经费问题一直也是制约高等教育发展的“瓶颈”。特别是对于经费来源比较单一的中国民办高等教育而言，经费投入工作面临诸多困难，亟待从理论和实践双环节上，挖掘经费投入的深层次原因，构建多元化的投入主体、方式和渠道等。本研究选用了制度经济学、第三部门学说等多学科的视角，分析了经费供求与民办高等教育系统发展的规模、结构、效益和机制后，发现从机制运行和制度供给的角度去分析并解决经费投入问题是关键。 考虑到影响经费投入的因素，诸如社会经济、科技水平、文化要素、人口规模、政策法规、市场及其高等教育内部因素，正视中国政府投入能力有限、捐赠办学困难、以学养学过剩和投资兴学获利的客观现实后，发现投入者、家庭教育和政府的功利对于经费投入有着深刻的影响。于是，通过历史的纵向比较和国际的横向比较，在吸取了古今中外私立高等教育经费投入的实践经验教训后，提出了我国民办高等教育的发展定位。 在促进民办高等教育成为我国高等教育的重要组成部分的认识下，在民办高等学校作为肩负着创造知识、传授知识、培养人才并服务社会的第三部门的元规则指导下，提出了“谁办学谁出钱；谁受教育谁付钱；谁占有国民收入谁分摊；谁受益谁付钱”的构想。进而形成了缓解民办高等教育经费紧缺的基本思路：强化政府投入的责任与力度，激励社会各界的捐赠投入，引导企业和私人的投资，规制高校的收费标准与行为，创新多渠道的经费投入，并供应引导投入行为的制度软件——投入机制，逐步实现民办高等教育的自我积累与发展。