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藠头（Allium chinense G.Don）为百合科葱属多年生植物，其起源地为亚洲，是一种具有极高的经济价值的传统蔬菜作物。而蓖头病毒病是致使藠头产量和品质大幅降低的主要因素。本文在田间病害调查的基础上，利用生物学、血清学以及病毒粒子形态和感病植物细胞病理特征观察，结合分子生物学方法，对来自武汉江夏区的藠头病毒样品进行了种类鉴定，并对所获病毒克隆基因组部分序列特性进行了分析，确定了该藠头产区侵染的病毒至少包括三个属4种病毒，主要研究结果如下：
1.明确发生在江夏区藠头存在复合感染现象。通过在湖北省武汉市江夏区藠头田间病害调查，发现田间菖头植株表现为花叶、褪绿条纹、植株扭曲、黄化等症状；通过汁液摩擦接种到6种指示植物上，确定部分藠头病毒病的繁殖寄主为昆诺藜；利用4个不同感病样品的粗提液，经负染后电镜观察，发现有3种不同的病毒粒子形态，包括杆状、线型（歪曲和直线型）；直接采取感病蓖头叶片制作超薄切片，经电镜观察发现感病寄主细胞质内含有大量的马铃薯Y病毒属（Potyvirus）成员特异的风轮状（横切）或柱状（纵切）内含体。
2.首次发现侵染我国藠头的马铃薯Y病毒属OYDV病毒分离物。利用马铃薯Y病毒属内成员基因组简并引物，结合通用引物M4，获得该属基因组3’端序列大小约1.7kb的扩增片段，对该片段进行了克隆和序列测定，其全长为1625个核甘酸，包括部分NIb（636bp）、全长CP基因（771bp）和3’端UTR序列。将所获克隆基因组3’端核甘酸序列在数据库比对分析，发现所获病毒克隆基因组3’端区域与洋葱黄矮病毒（Onion vellow dwarf virus，OYDV）相同区域的核甘酸同源性最近，最高达99％。外壳蛋白基因的核甘酸和推测氨基酸序列与已报道的OYDV分离物CP相应区域同源性分别为80％-99％和87％-99％；构建了CP基因核甘酸和编码外壳蛋白氨基酸序列进化树，结果显示，所获克隆基因组CP序列与来自大蒜上的OYDV云南分离物OYDV-YN2（GenBank登录序列号AJ409313）、两个江苏分离物OYDV-JS2（登录序列号AJ409310）、OYDV-JS1（登陆序列号AJ293278）及日本分离物OYDV-Gzm（登录序列号AB000840）相同区域同源性均很高（≥97％），聚成一簇。将该分离物暂命名为0YDV-WH，这是OYDV病毒侵染我国藠头的首次报道。
3.首次发现侵染我国藠头的香石竹潜隐病毒属7个不同克隆。利用香石竹潜隐病毒属内成员基因组简并引物，结合引物M4，获得该属基因组3’端核甘酸序列，共9个克隆，大小为1808-1812个核甘酸，序列特性分析表明，其包含病毒RNA基因组全长的第3-6共4个阅读框（ORF）。序列比对显示，这些克隆与现有报道的大蒜潜隐病毒（Garlic latent virus，GLV）基因组3’端相同区域的核苷酸序列最为接近，同源性分别在75％-82％之间，9个克隆中有7个克隆在该区域的核苷酸差异比较大，同源性在77％-93％之间。CP序列比对分析表明，所获得克隆基因组CP序列与目前报道的GLV基因组CP核苷酸和氨基酸同源性分别在75％-87％和88％-97％之间，其中克隆P2和car1-5基因组序列结构最相似，与日本藠头上的分离物GLV-Rjpn（登录序列号AB004565）氨基酸同源性最接近，达97％。本研究获得的具有较大序列差异的7个克隆之间基因组CP核苷酸和氨基酸的同源性分别76％-89％和88％-100％。外壳蛋白核甘酸序列进化树分析表明，7个克隆分别与其他GLV分离物共形成4个不同进化族，其中P4克隆CP核甘酸进化树上形成独立一族，且其核甘酸数量也有较大差异，因此，推测该克隆很可能为香石竹潜隐病毒属的一个新种。将所获的克隆基因组序列第3个ORF（编码蛋白TGB2）、第4个ORF（编码蛋白TGB3）和第6个ORF（编码核酸结合蛋白NABP）分别与已知报道的GLV基因组对应区域序列进行比对分析表明，氨基酸序列同源性分别为71％-90％、59％-85％、82％-95％。ORF3、ORF4、ORF6基因变异比ORF5基因变异要大些，其中ORF4变异最大，而ORF5变异主要发生在其编码氨基酸的N末端。根据Carlavirus属分类标准-不同病毒CP氨基酸同源性小于68％，同一病毒不同株系间为75％-90％。因此推断本研究所获得的克隆是属于GLV不同的分离物。这是我国藠头上的首次发现侵染GLV病毒。
利用所获病毒克隆基因组RNA3’端序列设计RNA基因组部分中间片段下游特异性简并引物pCarl-2dW（-）和上游简并引物pCare-2（+），RT-PCR扩增获得包含病毒GLV基因组的第2个ORF2及部分ORF1的片段。序列结构分析发现，ORF1和ORF2之间有30个核甘酸的非编码区。ORF2与ORF3有23个核苷酸重叠区域。ORF2共含有708个核苷酸，编码TGB1蛋白，将所获病毒克隆基因组ORF2区域序列片段与现有报道的相关病毒相同区域比对分析，结果显示该病毒基因组ORF2也存在较大的变异，核甘酸和氨基酸同源性分别在72％-78％和76％-83％。
4.首次发现侵染我国蓖头的利用葱X病毒属2个不同病毒。利用葱X病毒属内成员基因组简并引物，结合引物M4，获得该属基因组3’端序列约1.0kb扩增片段，共8个克隆。其中克隆。pGTdw-8基因组3’端序列含有939个核甘酸，其它7个克隆均为949个核甘酸（代号为pGTdw-15），包括部分CP基因（441个核甘酸）、完整NABP全长基因381个核甘酸和3’端非编码区。经数据库Blast序列分析表明，克隆pGTdw-8基因组3’端序列与现有报道的葱X病毒属我国大蒜上发现的大蒜病毒E（GarV-E，AJ292230）分离物相同区域核甘酸序列最相似，同源性达94％。另一个克隆pGTdw-15与大蒜病毒X韩国分离物（GarV-X，U892413）相同区域核甘酸序列最相似，具有91％的同源性，序列系统进化树表明，本研究所获葱X病毒属相关病毒克隆基因组3’端的核甘酸进化树与完整的NABP核甘酸进化树存在较大的进化族相关性和一致性。同时，基因组3’端UTR非翻译区序列的比对结果显示，本研究所得克隆pGTdw-8基因组3’端UTR与分离物Garv-E相同区域同源性达94％，另一类病毒克隆pGTdw-15基因组3’端UTR与分离物Garv-X相同区域同源性高达98％，根据国际病毒分类委员会发表的Allexivirus属分类标准是CP氨基酸同源性小于90％，3’端UTR核甘酸同源性小于90％。因此，认为本研究获得的2种克隆pGTdw-8和pGTdw-15分别属于葱X病毒属两种病毒Garv-E和Garv-X的分离物，这是我国藠头上的首次发现这两种葱X病毒属病毒。