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腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP-Binding Cassette Transporter),简称ABC转运蛋白(ABC transporter),是一类跨膜蛋白。ABC转运体含有一个共同的核心结构—2个核苷酸结合区域(nucleotide binding domains,NBDs)和2个跨膜区域(transmembrane domains,TMDs)其中NBDs结构相对保守,根据NBDs的保守结构,把家蚕ABC转运蛋白分为8个亚家族:ABCA、ABCB、ABCC、ABCD、ABCE、ABCF、ABCG、ABCH。其中ABCD亚家族的成员都是半转运蛋白,但目前对ABCD的研究报道较少,尤其家蚕ABCD2基因的功能更不清楚。我们以家蚕抗BmNPV品种白玉N(BYN)和常规品种白玉(BY)经BmNPV侵染后的脂肪体组织为材料进行转录组测序分析时发现有两个差异基因属于ABC转运蛋白通路,其中一个为ABCD2基因,为进一步清楚ABCD2的序列信息和相关功能,本研究以家蚕品系白玉N和白玉为材料,利用RACE技术克隆了两个品系ABCD2基因(命名为BmABCD2),并利用生物信息学分析了基因序列特性及基因家族密码子的使用模式;检测BmABCD2在不同品种、不同发育时期,添食BmNPV前后的表达模式;RNAi干涉BmABCD2鉴定其功能,并利用GST-Pull Down联合质谱筛选与BmABCD2蛋白互作的蛋白。实验表明BmABCD2可能参与了家蚕抗性品系白玉N对BmNPV增殖的抑制作用。1、对BmABCD2基因进行全长克隆,得到白玉品系全长为3430 bp的BmABCD2基因,编码区为2265 bp,白玉N品系BmABCD2基因全长是3258 bp,编码区为2265bp,同源性检索确定该片段属于家蚕ABCD2基因的完整编码区,基因定位于家蚕第27号染色体上,将以白玉为模板扩增得的ABCD2全长序列命名为BmABCD2,提交到NCBI,GenBank登录号为MK840981。2、对BmABCD2基因在两品系各组织表达情况进行了半定量和荧光定量分析,结果表明,ABCD2基因在两个品系的9个组织均有表达,尤其在中肠、脂肪体和气管中表达量较高。添毒48小时后,两个品系ABCD2基因表达量差异最大的是生殖腺和气管丛。3、两个品系BmABCD2基因CDS区比对发现,在第43个氨基酸处有一个有义突变但蛋白质的二级结构没有变化,两个品种的非编码区都有缺失和多余的部分,经过序列分析,得到BmABCD2蛋白的各项理化性质数据,综合预测结果显示该蛋白为家蚕ATP-binding cassette sub-family D member 2,存在ABC结构域和AAA结构域,定位于细胞膜,存在4个跨膜结构,且N端C端均不在胞内。4、利用生物信息软件对ABC基因家族密码子特点和使用偏好性分析,发现家蚕ABC基因家族的CDS序列的碱基组成具有多样性但是无明显偏好性,对34种密码子具有偏好性而且偏好使用A、G结尾的密码子,该家族各基因表达水平不同,家蚕ABC基因家族密码子偏好性受碱基突变和自然选择压力及其他未知因的影响,碱基组成约束在密码子使用偏好中起的作用更大。5、对白玉N品系BmABCD2进行RNA干涉,48h后观察到白玉N的血细胞成绿色荧光,说明BmABCD2被干涉后抗性品系白玉N失去对BmNPV抗性。个体存活率调查也证明,添毒的白玉N品系个体最终被病毒感染而亡,初步验证了BmABCD2在白玉N品系中具一定抗病毒功能。6、选择GST-Pull Down联合质谱筛选与ABCD2蛋白互作的蛋白,经肽指纹图谱分析,发现了15个可能与ABCD2蛋白直接或间接作用的蛋白。如液泡ATP合酶催化亚基A、丝氨酸蛋白酶-2、电压依赖性阴离子选择通道亚型X2、谷胱甘肽S-转移酶δ3亚型X1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、热休克蛋白70等。