河流栖息地，又称为河流水生生物栖息地，它既是人类在生物圈内进行自然物质周期性的循环、能源性的流动和利用的重要渠道，也是各种鱼类群落赖以生存、繁衍的空间与环境，与水生生物多样性密切相关。长江流域地区作为我国发展淡水捕鱼业的重要摇篮，其河流流域规模大、流域面积广阔，河湖水库数量密布，是目前我国乃至全球珍稀水生生物资源多样性最丰富的河流流域之一。随着经济的高速发展，生态航道建设成为长江上游航道建设的发展方向，为此航道建设前河流生境的调查和研究成为重中之重。本论文选择长江上游朝天门至丰都河段作为代表河段，于2019-2020年在朝天门至丰都河段开展了野外调查，统计和鉴定了水生生物及鱼类资源的组成与分布，分析了长江上游河流生境与鱼类群落之间的关系，为确定长江上游鱼类适合栖息地及河流生态保护和健康管理提供科学的理论依据。通过地形地貌分析法，对长江上游朝天门至丰都江段20处鱼类栖息地进行了地形和水动力因子物理特征的分析，以确定影响鱼类栖息地的地形地貌及水动力因子指标。取得的主要研究成果如下：
　　（1）通过对长江上游朝天门至丰都江段的鱼类栖息地和周边环境的生态调查，掌握了长江上游朝天门至丰都段河流鱼类及其周边环境的基本情况，共鉴定出了49种鱼类，隶属于4目10科35属，深水河槽、急流底栖和静水/缓流水底是鱼类主要生活的场所，浅滩深潭型、河道分叉型和河道弯曲型河段是鱼类三场分布的主要河段；共采集到了浮游植物5门46种（属）、浮游动物27种(属)、大型底栖动物28种。
　　（2）分析了不同因子的物理特性及其沿河流方向的变化规律。其中水动力因子中流速在整个河流断面上可以作为鱼类栖息地的评判条件，数值范围为0.4-1.0m/s，而弗劳德数则不具备明显的特征；地形因子中湿周与水力半径可以在整个河流断面上作为鱼类栖息地评判条件，数值范围为湿周564.5-1212.13m，水力半径13.04-38.92m；水深和过水面积可以作为鱼类栖息地的局部判别条件，数值范围为水深差值在5-15m或者过水面积差值在5000-15000m2，而宽深比则不具备明显的特征。
　　（3）基于研究区域内长江上游河流和栖息地位置的特殊性，从每一个描述长江上游河流地形地貌物理特征的相关因子中，根据不同因子和鱼类自然生态的相互关系，划分尺度和层次进行选择并描述了长江上游鱼类栖息地的河流水动力及地形的物理特征。结合保护区内鱼类资源和数据，对每一个水动力和地形地貌物理因子在长江上游鱼类栖息地的适合性情况做出了相对应的评估，根据其整体或者局部上的特征分为了一级影响因子、二级影响因子和无影响因子，其中流速、湿周和水力半径为一级影响因子，水深、过水面积为二级影响因子，弗劳德数和宽深比为无影响因子。