本文是以我国通过全国牧草品种审定委员会审定并登记的紫花苜蓿品种(中苜1号、公农1号、肇东苜蓿、甘农3号)作为研究对象，取供试品种胚根穿透种皮不超过2mm的萌动种子作为样品，采用不连续聚丙烯酰胺垂直平板凝胶电泳方法对供试品种进行过氧化物酶同工酶、苹果酸脱氢酶同工酶、超氧化物歧化酶同工酶，乙醇脱氢酶同工酶及6-磷酸葡萄糖脱氢酶同工酶进行电泳试验。采用不连续SDS-PAGE垂直平板凝胶电泳方法对4个供试品种3日龄萌动种子的贮藏蛋白进行电泳试验。在同工酶电泳试验中，将每个供试品种20粒3日龄萌动种子为一个处理，每个供试品种内设20个重复；在种子贮藏蛋白电泳试验中，同样以20粒3日龄萌动种子作为一个处理，每个供试品种内设10个重复。使用凝胶成像仪以及数码相机等仪器对试验结果进行纪录，后将凝胶进行相应保存。 同工酶电泳试验结果显示，首先，利用超氧化物歧化酶同工酶电泳谱带可以将甘农3号与其他三个品种区别开；其次，4个品种的苹果酸脱氢酶同工酶诺带非常相似，品种之间的无显著差异，因此单独使用苹果酸脱氢酶同工酶电泳谱带不能有效区别4个品种；再次，肇东苜蓿和公农1号的过氧化物酶同工酶谱带中均有特异性条带出现，但在单一品种的20个重复中出现的概率较低，因此，这些特异性条带是否能作为区别4个品种的依据，需要在每个品种中设大量重复，进行大量试验，根据试验结果进行进一步的判断；最后，由于公农1号的6-磷酸葡萄糖脱氢酶同工酶谱带中出现一条窄且颜色较浅的条带，并且该条带在公农1号的20个重复中出现的概率为85％，而其他3个品种均有没有染出任何条带，因此，初步确定可以利用该种同工酶的电泳谱带将公农1号与其他3个供试品种区别开。 种子贮藏蛋白电泳试验结果显示，中苜1号具有一条其他3个品种没有而该品种特有的条带，且该条带出现的概率达到70％，虽然该条带窄且颜色很浅，但仍可以初步判断，利用种子贮藏蛋白电泳可以将中苜1号与其他3个供试品种区别开。而该种方法不能有效的将剩余3个品种区别开来。