在家畜中，基因识别的主要方法—位置候选克隆，要求将基因定位在0.3-5cM的染色体片段上.目前采用的连锁分析方法一般将基因定位在10-20cM的区间上，因此进行位置候选克隆尚需进一步减小定位区间，即精细定位，而且QTL精细定位将会进一步提高标记辅助选择的效率.人们发现，利用连锁不平衡信息可实现QTL精细定位，但受多种因素的影响.该文通过模拟对一些相关因素进行了分析，希望对利用连锁不平衡信息定位的方案有更深入的理解.假设某数量性状的一个基因（QTL等位基因）可追溯到多个世代前的突变，通过连锁分析，该QTL基因被定位在某一段染色体上，且该染色体片段上分布有更高密度的标记.该文模拟了该基因突变后群体的进化过程，共20个世代.在群体进化过程中，假设该性状无新的突变基因产生、群体无选择和迁移.利用模拟数据，分析了相关因素对以下两种定位方法的影响：（1）通过在具有相同效应的单倍型间寻找同源片段定位QTL，即IBD（Identity by Descent）定位;（2）结合连锁分析，利用连锁不平衡信息定位（即LA/LD定位，Joint Linkage Analysis and Linkage Disequilibrium）.IBD定位中，假设连锁分析将QTL定位在一个长度为10cM的染色体片段上.在每个世代，随机选择公畜与母畜作为下一个世代的亲本，交配比例1：20，每头母畜有3个后代，性别比例1：1.在每世代，采用当前个体和父亲两个世代的资料进行分析.该研究分析了标记密度（标记间距为1cM，0.5cM，0.2cM）、公畜数（30，50，100头）、突变发生后的世代数（1～20世代）以及QTL效应（解释遗传方差的30％和50％）对IBD定位的影响.结果表明，随着QTL突变后的群体发展世代数的增加，所检测出的包含QTL的IBD片段的长度逐渐缩短，在第16～20个世代中，IBD片段的长度基本趋于平稳.增大QTL效应，杂合子公畜的检测率和正确性增加.随着标记密度的加大和公畜数的增加，包含QTL的IBD片段的长度由5-6cM左右下降为1～2cM但检测的功效也由100次重复中的80次左右下降为约60次.LA/LD定位中，在每一个世代，随机选择10头公畜和100头母畜作为下一代的亲本，交配比例1：10，每头母畜产生6个后代，性别比例1：1.在一个长度为50cM的染色体片段上，采用分步定位方案，分析模拟群体最后三个世代（18，19，20）的资料.研究分析了标记密度（标记间距为5cM，1cM，0.2cM）、QTL效应（QTL不存在、QTL解释遗传方差的10％、20％和30％）、群体发展世代数估计（10，18，20个世代）对LA/LD定位的影响，并与连锁分析方法（LA）进行了比较.研究结果表明，QTL效应越大，LA/LD的检测力、定位准确性和精确性也越大.标记密度由5cM增加到1cM时，LA/LD的检测力增加，但进一步增加到0.2cM时，检测力下降.随着标记密度的增大，将QTL定位在QTL正确区间或其相邻区间的次数呈下降趋势，但定位的准确性和精确性均得以增加.另外，LA/LD定位方法对基因突变后群体发展世代数的估计有较好的稳健性.与连锁分析相比，LA/LD的检测力和定位准确性和精确性要好于LA定位方法.同等标记密度下，LA/LD可检测到效应更小的QTL;标记密度较低为5cM时，二者定位的精确性相差不大，但标记密度为1cM时，LA/LD则明显好于LA定位方法;标记密度为0.2cM时，尽管两种方法的检测力都有所下降，但LA/LD方法在更大程度上利用了高密度标记所带来的信息.