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在家畜中,基因识别的主要方法—位置候选克隆,要求将基因定位在0.3-5cM的染色体片段上.目前采用的连锁分析方法一般将基因定位在10-20cM的区间上,因此进行位置候选克隆尚需进一步减小定位区间,即精细定位,而且QTL精细定位将会进一步提高标记辅助选择的效率.人们发现,利用连锁不平衡信息可实现QTL精细定位,但受多种因素的影响.该文通过模拟对一些相关因素进行了分析,希望对利用连锁不平衡信息定位的方案有更深入的理解.假设某数量性状的一个基因(QTL等位基因)可追溯到多个世代前的突变,通过连锁分析,该QTL基因被定位在某一段染色体上,且该染色体片段上分布有更高密度的标记.该文模拟了该基因突变后群体的进化过程,共20个世代.在群体进化过程中,假设该性状无新的突变基因产生、群体无选择和迁移.利用模拟数据,分析了相关因素对以下两种定位方法的影响:(1)通过在具有相同效应的单倍型间寻找同源片段定位QTL,即IBD(Identity by Descent)定位;(2)结合连锁分析,利用连锁不平衡信息定位(即LA/LD定位,Joint Linkage Analysis and Linkage Disequilibrium).IBD定位中,假设连锁分析将QTL定位在一个长度为10cM的染色体片段上.在每个世代,随机选择公畜与母畜作为下一个世代的亲本,交配比例1:20,每头母畜有3个后代,性别比例1:1.在每世代,采用当前个体和父亲两个世代的资料进行分析.该研究分析了标记密度(标记间距为1cM,0.5cM,0.2cM)、公畜数(30,50,100头)、突变发生后的世代数(1~20世代)以及QTL效应(解释遗传方差的30%和50%)对IBD定位的影响.结果表明,随着QTL突变后的群体发展世代数的增加,所检测出的包含QTL的IBD片段的长度逐渐缩短,在第16~20个世代中,IBD片段的长度基本趋于平稳.增大QTL效应,杂合子公畜的检测率和正确性增加.随着标记密度的加大和公畜数的增加,包含QTL的IBD片段的长度由5-6cM左右下降为1~2cM但检测的功效也由100次重复中的80次左右下降为约60次.LA/LD定位中,在每一个世代,随机选择10头公畜和100头母畜作为下一代的亲本,交配比例1:10,每头母畜产生6个后代,性别比例1:1.在一个长度为50cM的染色体片段上,采用分步定位方案,分析模拟群体最后三个世代(18,19,20)的资料.研究分析了标记密度(标记间距为5cM,1cM,0.2cM)、QTL效应(QTL不存在、QTL解释遗传方差的10%、20%和30%)、群体发展世代数估计(10,18,20个世代)对LA/LD定位的影响,并与连锁分析方法(LA)进行了比较.研究结果表明,QTL效应越大,LA/LD的检测力、定位准确性和精确性也越大.标记密度由5cM增加到1cM时,LA/LD的检测力增加,但进一步增加到0.2cM时,检测力下降.随着标记密度的增大,将QTL定位在QTL正确区间或其相邻区间的次数呈下降趋势,但定位的准确性和精确性均得以增加.另外,LA/LD定位方法对基因突变后群体发展世代数的估计有较好的稳健性.与连锁分析相比,LA/LD的检测力和定位准确性和精确性要好于LA定位方法.同等标记密度下,LA/LD可检测到效应更小的QTL;标记密度较低为5cM时,二者定位的精确性相差不大,但标记密度为1cM时,LA/LD则明显好于LA定位方法;标记密度为0.2cM时,尽管两种方法的检测力都有所下降,但LA/LD方法在更大程度上利用了高密度标记所带来的信息.