近一个世纪以来,流感病毒多次造成全球性的疫情,给人类带来的生命、财产损失难以计数。特别是近年来,“猪流感”、“禽流感”的出现,引起了世界范围内的恐慌情绪。然而在对于这种病毒的防御方面,人类能够使用的有效武器却很少,疫苗无法有效应对所有未来可能流行的病毒亚型,现有的批准药物如达菲、金刚烷胺、扎那米韦等疗效有限。因此,寻找有效的药物、寻找可靠的抗体、预测未来病毒的变异趋势是亟待解决的问题。本文试图从如下几个方面进行一些探索。首先,我们考虑的是应急药物的问题。正如上面提到的,当前经过批准的流感病毒药物种类少药效不佳,而新研制药物周期太长,无法尽快应对可能到来的流感疫情。因此我们希望能从已知药物出发,构建药物混合物应对不时之需。为此我们使用9种药物组成了药物面板,使用6种流感病毒的蛋白质组成了靶蛋白面板并由此得到6个口袋组成的基准口袋面板；为了对药物有效性进行判定,我们提出了5种可计算特征,并由此形成4个决策判定条件；为了对基准口袋找到合适的药物混合物,我们提出了寻找药物混合物的通用算法,并将其应用于H5N1亚型流感病毒神经氨酸酶NA中基准口袋的药物发现,最终提出使用阿奇霉素和阿司匹林混合物作为候选药物混合物。此外,我们还将算法进行了改进,使其大部分过程能够自动化完成。其次,我们考虑了增强抗体的问题。抗体的增强可以分为两方面,一方面是增强抗体对靶蛋白的疗效,减轻或消除抗药性,另一方面是将抗体的应用面扩展,将一般抗体改进为广谱抗体,将广谱抗体改进为通用抗体。为此我们确定了达菲或扎那米韦增强CR6261对第一组流感病毒疗效的分子作用机制,并使用这种机制将抗体增强的两方面内容统一起来。根据这种机制,我们认为达菲或扎那米韦可以增强F10和FI6对第一组流感病毒的疗效,也可以增强CR8020或FI6对第二组流感病毒的疗效,当抗体足迹部分位点发生变异,与血凝素HA之间结合能降低时,它们提供的额外结合能足以补偿这种损失,从而避免抗药性。我们发现CR8020抗体在H1亚型血凝素HA上的绑定足迹位于茎部,但是两者之间结合能偏低,因此我们可以使用达菲增强这种结合能,使得CR8020抗体与H1亚型血凝素HA牢固绑定,从而可以将CR8020提升为全局抗体；我们还发现CR6261和F10与H3亚型血凝素HA的绑定位点位于头部,因此候选药物需要更加苛刻的条件。经过分析我们使用阿奇霉素将CR6261提升为全局抗体,使用阿奇霉素和达菲将F10提升为全局抗体。最后我们试图找到一些流感病毒变化的规律,我们希望找到某些流感病毒血凝素HA之间重组的证据作为初步的探索。为此我们提出了概率和相似区域两种方法,基于36条代表性HA序列的HA1部分,找到了H13、H14、H16亚型血凝素HA可能的重组证据。