近年来,我国的房地产开发建设蓬勃发展,居民购买需求居高不下,房地产的价格在一轮又一轮的政策限购中持续攀升。房地产业同时又是一个公共属性突出的行业,社会舆论对于房价的关注度很高,社会经济与房地产业的关联度很大,政府有必要正确行使干预、调控的职能。土地增值税是我国的地方税之一,房地产开发企业是土地增值税的主要纳税人。土地增值税以房地产转让收入减去扣除项目的增值额为课税对象,按照增值额超过扣除项目的比例实行超率累进,即增值率越高,所承担的税负就越多,在税制设计上以调节土地增值收益为主要职能。本文在对我国房地产开发企业的土地增值税清算制度进行解读后,认为土地增值税要发挥调控功能,主要依靠清算管理上的查账征收。2007年2月1日起,我国开始执行国税发[2006]187号,在税收征管实践中开始重视土地增值税清算管理。然而,土地增值税税收政策的执行在实际税收征管活动中面临困境,即:一是土地增值税日常管理不规范,相关税款征收不足。二是土地增值税清算管理不到位,清算项目大量积压。营改增之后,土地增值税成为地方税收的重要税源,同时也成为了地方税收征管工作亟待破解的一大难题。本文从税收征管行政行为角度研究土地增值税现行清算政策和征管工作存在的问题,通过对D房地产开发企业土地增值税清算进行解剖式分析,探讨清算审核工作落实不顺利的原因,从而将税收政策设计和税收政策实施连接起来,提出改进政策制定和征管部署的若干建议,以期在实现税制设计目的的基础上逐步减少征纳争议。通过案例研究,本文认为具体政策存在空白、依赖事后管理是清算管理工作开展困难的重要原因,房地产开发企业对于政策理解不到位、涉税鉴证业务不能发挥积极作用放大了清算管理工作的执法风险。本文建议政策制定者和税收征管部门通过完善政策体系、建立权责清晰的清算审核制度,加强事中管理、建立逻辑完整的证据归集机制,引进专家工作、探索客观公正的行业问题解决方案,规范鉴证管理、正确发挥税务中介在土地增值税清算中的作用,以及强化税务稽查,严肃查处土地增值税清算中的涉税违法行为等多方面的努力,逐步化解土地增值税清算管理工作中存在的操作障碍,使在清算管理中依法实施查账征收成为土地增值税发挥房地产市场调控作用和组织地方税收收入的基础。