血细胞样本长期低温保存后提取的DNA质量和产量分析

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目的:在基因组学研究中,很多病例来源较为分散,所采集的血液标本无法立即提取核酸进行分析,因而需要将这些标本在生物样本库中低温保存数月甚至数年后,待样本达到一定数量后集中进行核酸的提取。这些长期(长至10年以上)低温保存的血液样本使用的可行性值得探究。10年之前我科样本库采用从乙二胺四乙酸三钾盐(Ethylene Diamine Tetraacetic Acid tripotassium salt,EDTA-3K)抗凝血中吸取上层血浆进行冻存,同时将血细胞也保存下来用于抽提DNA。本研究将对血细胞样本长期(长至10年以上)低温保存后提取的DNA质量和产量进行分析。方法:选取国家肾脏疾病临床医学研究中心生物样本库低温(-80℃)保存10年以上的3ml EDTA-3K抗凝血分离得到的血细胞样本150份,所有样本未经冻融,采用PerkinElmer与Hamilton公司联合提供的全自动核酸提取仪及其配套的DNA提取试剂盒(Chemagic DNABlood Kit,CMG-1073),利用磁珠法提取 DNA。DNA 洗脱液为10 mM Tris-HCl pH 8.0,体积为800μl。采用微量紫外分光光度仪Nanodrop 2000(Thermo Scientific)进行测定 A260/A280、A260/A230 及 DNA 浓度,再根据浓度和溶解体积计算出所得DNA产量。琼脂糖凝胶电泳检查DNA完整性,若泳道口中存在较亮的条带,提示有蛋白污染。DNA电泳条带最前面如果有较小的条带,提示存在RNA污染。条带弥散、拖尾,提示DNA有降解。并将所有样本DNA测得的A260/A280、A260/A230及产量均以均数、标准差表示;采用SPSS23.0对样本来源患者采集样本时的白细胞数量以及样本DNA产量间进行双变量相关分析。结果:150份血细胞样本提取的DNAA260/A280平均值为1.84,该值在1.7~1.9范围内,表明所提取的DNA纯度高;所有样本DNA的A260/A230均数是2.27,该值大于2.0,表明所提取的DNA污染较少;所有样本DNA产量均数是187.57μg,该值大于10μg,表明所提取的DNA量足以用于基因组学研究。所有样本凝胶电泳均可见DNA条带比较集中,未见弥散分布,分子量≥20kb。150份DNA中,134份1.7≤A260/A280≤ 1.9,占 89.3%;120 份 A260/A230≥2.0,占 80%;115 份 1.7≤A260/A280≤ 1.9 且 A260/A230≥2.0,占 76.7%。143 份 DNA 产量≥10μg,占 95.3%。1.7≤A260/A280≤1.9且DNA产量≥10μg的血细胞样本有132份,占88%。1.7≤A260/A280≤1.9、A260/A230≥2.0且DNA产量≥10μg的血细胞样本有114份,占76%。未观察到白细胞对DNA产量有影响。结论:血细胞低温(-80℃)保存10年以上经磁珠法提取所得到的DNA绝大部分质量和产量均可满足下游实验要求。且目前已有本中心研究者使用样本库保存10年以上的血细胞样本提取的DNA进行糖尿病肾病全基因组关联分析研究(Genome-wide Association Study,GWAS)。该研究提示血细胞样本以这样的保存方式及提取方法,可使DNA的质量和产量达到较高水平,为其他研究者利用样本库中保存10年以上的样本用于后续分子研究、基因组学研究提供参考。
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