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稻瘟病是制约水稻稳产的重要病害之一。抗病品种的选育和推广是防治该病的一种有效且环保的手段,而稻瘟病抗性基因的挖掘和利用又是抗病育种的基础,因此挖掘更多新的抗稻瘟病基因有着重要意义。迄今已超过25个抗稻瘟病基因被克隆,它们中的多数都属于NBS-LRR类,并且很多都是位于同一基因座内的等位或复等位基因。鉴于这些已克隆的抗稻瘟病基因的特点,本研究在对来自世界各地的地方品种进行抗性品种的筛选后,并利用等位基因挖掘的方法对这些抗病品种所携带目标基因的等位基因进行了克隆,具体结果如下：1.利用6个来自菲律宾的稻瘟病菌生理小种,对502份来自世界不同国家和地区的水稻地方品种进行室内接种,最终筛选出58份高抗水稻品种,并且通过抗性评价发现彼此间具有抗谱差异。另外,比较其来源,发现这些抗病品种并不集中于某一个地区。2.根据Pi2/9抗病基因座的特异性片段设计了显性引物,并利用PCR技术筛选到29份携带Pi2/9抗病基因的阳性材料。随后用等位基因挖掘的方法从这些阳性材料中克隆获得了其中28份材料的全长cDNA。通过聚类分析,获得7个不同的等位基因,其中包括Pi2, Piz-t两个已知基因和5个新的未报道的等位基因,即Pi2-A15, Pi2-A35, Pi2-A16, Pi2-A56和Pi2-A7。这些新的复等位基因的功能和抗谱正在分析中。3.根据Pik抗病基因座的特异性片段设计了显性引物,并利用PCR技术筛选到24份携带Pik抗病基因的阳性材料。随后,我们利用等位基因挖掘的方法克隆获得了抗性材料A43的全长基因组DNA,并将其氨基酸序列与几个已知Pik等位基因的氨基酸序列进行比对分析,发现Pik-A43的RGA4和RGA5基因分别有4个位点和2个位点的不同于其他几个Pik等位基因的氨基酸突变,从而认为Pik-A43可能是Pik的一个新等位基因。用携带不同单倍型的AVR-Pik稻瘟病菌生理小种对C039×A43 F2群体做接种进行抗谱分析,发现多数群体的抗感单株分离比不为3：1,同时分别用一对Pik基因的特异性显性引物和SSR标记进行连锁分析,发现都不存在连锁关系。所以我们推测,Pik-A43有可能不具有功能,若具有功能,则表明来自A43的K-类型的Pik基因可能并不识别现有的几种AVR-Pik的单倍型,也即K类型的Pik等位基因并不一定通过识别现有AVR-Pik基因发挥抗性。