明万历年间,伴随着西方传教士而来的天学东渐,使晚明社会遭逢着异域文化的思想冲击,同样也使佛教界面临着异质宗教的严峻挑战。明末年间,佛耶之间发生了一场实实在在的交涉乃至争辩。耶教主张的"实"与"有"与原始儒家的"诚"、"有"相沟通,反对佛教的"空"、"无",得到一部分儒士如徐光启、李之藻等人的支持和响应,从上层士人到民间,这场耶教对佛教所发起的攻讦,全方位地在社会层面上展开,立足于治世对于佛教的社会现状进行强烈批判。面对天主教的攻击,佛教方面从最初的"不足辩"到全方位"辟邪"的学理征伐,以智旭为代表的禅门大德展开了两教之间的学理交锋。在两种宗教不同教义的背后,最根本的分歧乃是对物化世界实有性的不同认识。耶教因为肯定物质世界的实有,因此有世界产生的问题,因而需确立第一因,佛教方面则以"心"为世界万法的本源,在心物关系上,否定物质世界的实有执着,而以心为主,在世界的起源与产生的问题上,否认实有的生成关系,以"无生"斥其实有的"自生"。在心物关系上,耶教唯物,认为心性为外在天主所赋,在修养上则有向外求的倾向;佛教唯心,明确了以心为本的主体性,将对外物的执着归属于道德修养之下,一切外物终归于心。明末的佛耶交涉中,佛耶二教呈现于世更多地是彼此之间的差异性。在对耶教的反诤中,明末的大德虽多采取儒释和会的立场,但其大乘佛法的本位并没有改变。以智旭为代表的禅门大德,坚守佛教心本史观的立场,融摄诸家,保存了大乘佛教的核心理念,始终强调"以心为本"、"以道为尊"。