分别于2009年夏季和2010年夏秋季对黑河流域进行了2次全面调查,共选取76个采样断面进行水样采集,鉴定出浮游植物242种,隶属于8门11纲25目45科94属,其中上游118种、中游129种、下游84种。硅藻门为优势类群,占物种总数的38.43%,绿藻门和蓝藻门次之。流域优势种为尺骨针杆藻(Synedra ulna)、无常蓝纤维藻(?)Dactylococcopsis irregularis)和尖针杆藻(S. acus),优势度分别为0.060、0.031和0.021,出现频度分别为43.42%、43.42%和46.05%；上游优势种为尺骨针杆藻(0.034)和尖针杆藻(0.021),出现频度分别为27.27%和33.33%；中游优势种有4种,按优势度大小排列,分别为尺骨针杆藻(0.075)、尖针杆藻(0.034)、无常蓝纤维藻(0.030)和膜孔平板藻(0.023),出现频度介于48.15%～62.96%之间；下游优势种为尺骨针杆藻(0.085)、无常蓝纤维藻(0.070)和盘氏鞘丝藻(0.048),出现频度均大于55%。多样性分析表明,黑河中、下游浮游植物群落结构的复杂程度和稳定性均高于上游；同时,多样性分析还表明黑河上游水质为无污染或轻度污染,中、下游水质为轻中度污染。浮游植物密度与水环境因子的相关性分析表明,上游浮游植物密度与水体硬度呈显著正相关；中游浮游植物密度则与各因素无显著相关性；下游浮游植物密度与水体硬度呈显著负相关,而与营养盐指数(TN×TP)呈显著正相关；总溶解性固体、pH值和水体硬度与全流域浮游植物密度呈显著正相关。黑河流域浮游植物的空间分布具有与河水水文分带相对应的垂直地带性和水平地带性分异特征。