创新的复杂化、大投入、短周期和高风险性使得跨组织协同创新成为重要的创新组织方式。随着“创新驱动”国家战略的实施,提升区域创新能力成为地方经济发展战略的侧重点和核心点。因此,厘清跨组织协同创新的内部因果关联以及制约关系,找出制约跨组织协同创新效应持续快速发展的因素至关重要。本文立足跨组织协同创新系统的现实情况,从政府、企业、高校科研机构、创新服务机构四个维度对创新组织的内涵进行了阐述,并以宏观跨组织形式、微观跨组织形式两个角度对协同创新的跨组织内涵进行了界定。本文从形成驱动力、合作区动力、发展驱动力三个方面,研究了跨组织协同创新系统内部驱动力,同时归纳了跨组织协同创新系统运行特征,及创新效应表征。在梳理跨组织协同创新系统结构及运行机理的基础上,运用系统动力学方法,构建跨组织协同创新系统因果模型,分析了协同创新过程中各创新组织之间的因果制约关系。本文将湖北省高新区作为实证对象,构建跨组织协同创新系统仿真模型,并运用计量经济学方法对创新面板数据处理,拟合出量化模型的内部参数。通过对跨组织协同创新系统的仿真运行,研究其创新效应在时间序列上的变化,寻找出影响跨组织协同创新效应变化的原因及制约创新效应持续增长的因素,增加政府对创新服务体系投入能促进区域整体创新效应持续性提升,增加企业自身研发强度比增加政府对企业创新投入对提升企业创新效应更具持续性作用,提高创新组织对协同创新成果的预期目标能提升创新组织的协同意愿,进而促进协同创新效应持续性提升。通过对仿真结果的分析,针对性地从增强政府管理能力、培育协同创新企业创新主体、提高创新服务体系支撑水平、健全跨组织协同创新系统运行机制四个层面提出了跨组织协同创新效应的提升对策及保持持续增长的措施。本文力求在跨组织协同创新效应的评价方法上突破创新,以此探析创新效应变化的内在机理,深化协同创新理论体系,并为政府、企业、高校科研院所及创新服务机构推动跨组织协同创新效应持续提升提供新思路。