间作是提高土地利用率和作物产量的重要农作措施,其中玉米与大豆间作具有高产、高效、提高土壤质量、减少温室气体排放和可持续等多种功能。丛枝菌根真菌（AMF）是重要的微生物资源,在促进作物生长、增强植物抗逆性和提高土壤质量等方面具有重要作用。此外,间作作为一种值得推广的种植模式,其温室气体排放效应的研究还不够全面。因此本研究设计了玉米、大豆单作和不同行比玉米大豆间作,旨在探究1.不同行比下玉米和大豆行间的边际效应,结合作物干物质积累和营养器官物质输出,探明不同作物配比对边际效应的影响,明确边际效应的范围和强度,总结边际效应和干物质分配之间的规律;2.不同种植模式农田生态系统中AMF生长发育和土壤球囊霉素的周期性变化规律及相关性;3.温室气体排放规律以及增温潜势,分析土壤因子与温室气体排放的相关性。主要结果如下:间作提高了玉米大喇叭口期、吐丝期和成熟期时的干物质积累速率,但降低了大豆盛花期干物质积累速率。玉米大豆间作提高了玉米边行、中行和内行,大豆中行和内行的干物质积累速率与积累量,而降低了边行大豆的干物质积累速率和积累量。间作处理中产量和生物量土地当量比均大于1,玉米对大豆表现出竞争优势。整个生育期内,作物茎叶干物质积累量在播后55天达到最大值,玉米叶、玉米茎、大豆茎叶的输出量分别为10.48-20.67 g p^-1、18.77-33.70 g p^-1、3.29-9.72 g p^-1,输出率分别为15.45-29.44%、33.62-62.96%、14.05-26.92%,贡献率分别为9.82-22.09%、18.07-32.30%、13.08-37.25%。农田生境中,菌根侵染率、侵染密度和菌丝密度随着AMF与作物共生期延长逐渐增加,菌根的丛枝丰度表现为在玉米吐丝期（大豆盛花期）迅速增加,之后下降的趋势。在作物生育期内,AMF的孢子密度从269.40 spore 100g^-1增加至1484.20 spore100g^-1,易提取球囊霉素含量从430.88μg g^-1增加至600.78μg g^-1,总球囊霉素含量从942.59μg g^-1增加至1304.03μg g^-1。两年试验中,作物生长后期间作处理的菌根侵染率、侵染密度和丛枝丰度,土壤菌丝密度、孢子密度和球囊霉素含量均高于单作。间作处理中AMF与作物共生表现出边际效应,在玉米乳熟期时距离大豆带越远,间作玉米行的菌丝密度、孢子密度、易提取球囊霉素和总球囊霉素含量越低。相关分析表明侵染率、侵染密度、孢子密度、易提取球囊霉素、总球囊霉素之间关系密切,相关系数达到0.51以上。玉米大豆间作降低了CO₂和N₂O的排放速率,同时减少了对CH₄的吸收速率。施肥对N₂O和CO₂排放速率有影响,在两次施肥时均形成了排放高峰。不同种植模式下CH₄排放速率变化不大,变化范围为-1.19-0.94μg CH₄-C m^-2 h^-1。在整个生育期内,间作系统中大豆带（IS）的CO₂和N₂O排放积累量最高,其次是玉米带（IM）,交界带（IJ）的排放积累量最低。间作处理（IMS）的GWP分别比单作玉米（MM）和单作大豆（MS）降低27.4%和10.0%,间作处理（IMS）的GHGI低于MS,高于MS。土壤NO₃^-和NH₄⁺含量对CO₂排放的直接效应最大,效应系数均为0.32;土壤NO₃^-含量对N₂O排放的直接效应最大,效应系数达到0.50;只有土壤含水量对土壤CH₄排放产生直接效应,效应系数为0.13。