我国的农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。在目前农业供给侧结构性改革新形势下，农业专业合作社作为一种新型经营主体，不仅是实现农业适度规模经营、提高农业生产效率的有效手段，而且是有效提供例如农业生产资料集中购买以及农产品销售、加工、运输、贮藏等农业社会化服务，实现“补短板”的重要载体。目前我国关于农民专业合作社的制度安排仍不够完善，直接制约了农民专业合作社的快速、健康发展。　　本文以中央政府与地方政府农民专业合作社相关制度供给为研究对象，将这种制度供给作为合作社发展外部环境的一个方面，运用制度供给与需求的分析框架，结合制度实施效果，对现阶段实践中导致难以满足合作社及其主要社员----农产品生产者制度需求的障碍性因素进行分析，并为实现政府对农民专业合作社的有效管理与扶持提出多方面的制度优化建议。在市场准入方面，面对现阶段农民专业合作社发展有余而规范性不足的现状，关键是要严格做好实质性审查工作。在内部治理方面，为有效解决核心成员直接掌握合作社决策权与利益分配权的问题，应从进一步优化合作社内部产权制度与调整股权结构入手，既保持合作社的发展活力，又要调动一般成员参与民主管理积极性、限制核心成员权利。在外部扶持方面，总体上来说制度实施效果有待提高。为了提高制度实麓效果，一方面要着力完善农民专业合作社财政扶持、税收扶持、金融扶持相关的正式制度以及提高正式制度与正式制度之间匹配度，另一方面要根据合作社发展制度需求调整或补充制度供给。其中，财政扶持制度方面要重点解决瞄准机制不完善的问题，税收扶持制度方面要合理拓宽税收扶持范围，金融扶持制度方面要重点完善合作社信用体系不健全的问题。此外，为了农民专业合作社能够健康有序的发展，完善以明确监管部门与外部审计机制为主要内容的外部监督体系和以基层政府为主体的实施机制也是必不可少的。