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免耕是保护农田土壤水分和肥力的耕作措施，是现代生态农业的一个重点发展方向，其实际应用推广面积也越来越多。因此，研究免耕土壤中微生物群落结构特征，尤其是与氮素循环相关微生物的群落结构特征，对土地资源的保护和合理开发以及农业经济的可持续发展意义重大。本文分别采取3种类型土壤的3个不同剖面层，即沙性泥质田、马肝田和青棕红泥田的耕作层(PL)、犁底层(PP)和渗育层(PH)作为研究材料，利用DGGE技术分析土壤样品中的微生物群落结构，并统计土壤微生物数量，测定土壤酶活性质;采用PCR-RFLP手段分析样品中nifH基因和amoA基因的多样性，从而阐明土壤样品中固氮菌和氨氧化细菌的群落结构特征。 研究结果显示，样品中微生物总量、土壤脲酶、土壤蔗糖酶和土壤过氧化氢酶活性的变化趋势均为PL＞PP＞PH。9个土样的DGGE电泳图谱显示每种土样的细菌种类都比较丰富，同一类型土壤的PL层和PP层细菌种类相似度较高，且都比PH层细菌种类丰富。细菌群落相似性矩阵结果表明，相似度范围在40.5％～67.7％之间，且PL层与PP层间细菌群落相似度高于PP层与PH层间细菌群落相似度，及PL层与PH层间群落相似度。聚类分析结果表明，同一类型土壤内，PL层和PP层可以聚到一起，PH层单独成为一类。16SrDNAV3区系统发育结果表明9种样品中的优势菌群为Acidobacteria和Bacteroidetes。 构建的nifH基因文库中RFLP分型得到33种OTUs，库容值范围在89.30％～98.70％之间。多样性指数分析结果表明，9种土样的固氮菌群落结构多样性较高，同一类型土壤内，固氮菌群落结构多样性变化趋势为PP＞PH＞PL，即固氮菌群落结构受不同剖面层影响差异显著。文库间相似度分析表明同种类型的土壤，PL层和PP层土壤固氮菌种类相似度最高，PL层和PH层土壤固氮菌种类相似度最低。系统发育树分析发现，9种土样的固氮菌主要分布在Alphaproteobacteria（α-变形菌纲），按属划分，大部分都为Bradyrhizobium（慢生根瘤菌属）。 采用PCR方法仅扩增到PL层和PP层的amoA基因，用其构建的amoA基因文库中RFLP分型得到16种OTUs，库容值范围在92.59％～98.28％之间。多样性指数分析结果表明，每个土样的氨氧化细菌群落结构多样性较低，其多样性受不同剖面层影响差异显著，PP层氨氧化细菌群落结构多样性高于PL层。文库间相似度分析表明同一类型土壤中，PL层和PP层氨氧化细菌种类较接近。系统发育树分析发现，所测得的amoA基因序列可归为Cluster3b、Cluster10和Cluste2，其中，Cluster2和Cluster10是优势种群，PL层中Cluster2略占优势，PP层中Cluster10略占优势。大部分氨氧化细菌集中分布在Nitrosospira(亚硝化螺菌属)，部分被归于Nitrosovibrio(亚硝化弧菌属)和Nitrosomonas（亚硝化单胞菌属）。