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菠萝蜜在我国已经有上千年的种植历史,其中以海南岛最多。海南岛全岛零散分布着大量遗传多样性丰富的实生种质资源,其中蕴含着丰富的优良性状资源,具有很高的开发利用价值。迄今为止,尚没有系统的对海南岛菠萝蜜种质资源亲缘关系的研究报导。本研究对全海南岛菠萝蜜进行随机采样,选用SRAP和SCoT两个分子标记,通过叶片总DNA提取、PCR反应体系优化,对156份海南岛菠萝蜜种质、8个国外种质、3个榴莲蜜种质和1个面包果种质的基因组遗传相似性进行研究,为今后定向培育以及新品种的选育、种质开发利用提供基础资料,研究结果如下:(1)通过比较研究,使用含有4% β-巯基乙醇和12.5 mmol/L硼砂的2% CTAB提取缓冲液,两次抽提后用1/2体积无水乙醇和与上清等体积的4 mol/L LiCl沉淀去除大部分RNA,能够提取到较高质量的基因组DNA。(2)利用L25(56)正交设计实验优化得到菠萝蜜SCoT-PCR反应体系(20μL):Mg2+ 2mmol/L、dNTPs0.2mmol/L、Taq DNA 聚合酶 1U、引物 0.375mol/L、模板DNA10ng,最适退火温度48.2℃。(3)应用筛选出的多态性好的32对SRAP引物对168份种质进行扩增,共获得1174个条带,平均每对引物扩增出36.69个条带,多态性条带比率98.72%。用NTSYS软件分析并获得UPGMA聚类图,遗传相似系数(GS)变化范围在0.6753-0.9067之间。在遗传相似性系数为0.7345时,为三个类群。第三类群在遗传相似性系数0.8005可分为12亚支。(4)应用筛选得到的15个SCoT引物对168份种质进行扩增,共获得266个条带,平均每个引物扩增出17.73个条带,多态性条带比率97.72%。用NTSYS软件分析并获得UPGMA聚类图,GS变化范围在0.6534～0.9110之间,在遗传相似性系数为0.7406时,分为三个类群。第三类群在遗传相似性系数0.7905可分为10亚支。(5)综合两个分子标记研究结果:168个种质先按菠萝蜜、榴莲蜜和面包果聚类;同一地理种源表现出较近的亲缘关系种质,国内外种源亲缘关系较远;海南岛内地理位置相近的种质,各样品的遗传相关性受地理距离影响比较大但并不完全一致,各个地区均存在不同程度的交叉聚类的现象;海南岛澄迈地区大部分种质间亲缘关系较近;海南岛中南部琼中、保亭、五指山地区有较高亲缘性;海南岛东北部海口、定安、万宁、琼海地区也表现出一定的亲缘关系。