动物毛色在畜牧业中自驯化以来是识别动物物种、品种或个体的重要依据和主要标志,驴作为我国重要的畜牧经济家畜之一,不同毛色驴的经济价值,生产实践价值也不近相同。驴有三种毛色最为常见:灰色(grey dun),黑色(No Light Point,NLP),三粉色(3-LP)。其中驴毛色中有区别于其他哺乳动物特有的“白域”(Light Point,LP)表型,即分布于眼周、口周和腹部呈现浅乳白色的毛发区域。以往的研究结果表明驴毛色主要由黑色素细胞产生的真黑素和褐黑素的分布及其比例所决定,这两种色素的比例主要由两种基因控制,即ASIP(agouti signaling protein)和MC1R(melanocortin-1 receptor)。为深入探究ASIP基因和MC1R基因在驴LP表型中的调控作用,我们采集了283头驴的样品(灰驴和五种LP表型),对ASIP和MC1R基因的编码区序列进行测序,获得突变位点后分型并统计分析了不同基因分型在驴毛色及LP表型变化中的关联作用。而后为了进一步研究两基因在其它物种中的适应性进化,我们对ASIP和MC1R基因在大量哺乳动物中做了分子进化和选择压力分析。主要结果如下:通过测序结果比对,我们在驴的ASIP基因和MC1R基因全编码区中,各鉴定出一个核苷酸突变。ASIP基因为非同义突变c.349T>C,MC1R基因为同义突变c.243C>T。经过基因分型统计,我们发现随着LP表型的大小和数量的减少,ASIP突变位点的基因型逐渐从T/T,经由T/C,过渡到C/C(P<0.001)。而MC1R突变位点的基因分型并未发现与LP表型变化相关联(P>0.05),证明MC1R基因功能非常重要且对驴毛色中LP表型调控作用非常保守。这些结果表明,ASIP的非同义突变可能是驴LP表型大小和数量变化的主要原因,而MC1R的保守序列并不能调控LP表型的变化。本研究还在一部分乌驴(NLP)的ASIP基因中检测到了T/C基因型,这与以往报道的少量样本结果不同,说明乌驴(NLP)表型并不是完全由该位点纯合突变为C/C而导致的,很可能还有ASIP基因调控区或者其他基因的突变参与调控乌驴(NLP)表型。通过对哺乳动物ASIP和MC1R基因的核苷酸、氨基酸树的重建,我们发现,MC1R基因较ASIP基因在哺乳动物的进化过程中的进化速率更加明显。在选择压力分析中,“branch-site”模型检测出ASIP基因在灵长目、鲸目、偶蹄目、食肉目和袋鼠目中出现正选择位点,MC1R基因在偶蹄目、食肉目、啮齿目和灵长目中出现正选择位点。但综合“branch”及“branch-site”模型的分析结果,通过对目前哺乳动物基因序列的收集和分析上,ASIP基因和MC1R基因在哺乳动物的进化过程均较为保守,说明了两个基因产生的功能蛋白在色素调控通路中具有非常重要作用,此外,根据文献和本研究的分析结果,ASIP和MC1R作为毛色候选基因,还可能在动物的其他性状的调控中也扮演着重要的角色,如动物的食性、动物行为和动物的免疫调节等等。