区域创新系统对区域经济的发展具有重要的作用，区域创新系统能带动区域经济增长；促进区域产业结构升级，提高区域整体竞争力。反过来区域创新系统的发展又需要区域经济发展的支持，区域经济发展是区域创新的重要物质基础，为区域创新的发展提供环境支持，区域经济发展是区域创新的根本目标。因此，研究区域创新系统与区域经济发展的协调性对黑龙江省整体经济水平的提高具有重要的意义。本文首先介绍了区域创新系统与区域经济发展的相关理论，同时在分析区域创新系统与区域经济发展的内涵与构成要素基础上，剖析了二者相互作用机理，并从区域创新系统与区域经济两方面来研究黑龙江省目前发展的基本情况。其次，本文从创新主体与区域经济的协调、创新资源与区域经济的协调、创新能力与区域经济的协调、创新环境与区域经济的协调四个方面来建立区域创新系统与区域经济发展的协调性评价指标体系，运用变异系数法对各指标进行赋权，并采用主成份投影法对黑龙江省区域创新系统和区域经济发展协调性水平进行量化评价，并且把黑龙江省区域创新系统与区域经济发展协调性与典型城市进行了对比分析，找出黑龙江省区域创新系统与区域经济协调发展存在的问题。最后，本文针对黑龙江省区域创新系统与区域经济发展存在的问题，对如何提高黑龙江省区域创新系统与区域经济发展的协调性提出对策。