政府补助作为一种宏观的调控手段已经得到广泛运用，其发放补助的方式、金额和范围不断地变化。根据2014年数据统计，将近90%的上市公司均获得政府补助但是分布是不均匀的，中央企业和国有企业获得补助较多，但这些企业也出现业绩下滑，依靠政府补助维持发展现象，所以需要更多关注政府补助。创新是衡量一个国家综合竞争力重要标志之一，国家建立各种研发项目对高新技术企业进行政府补助。为了响应习近平总书记大力培育和发展高新技术企业等优质市场主体的号召，各省市开始培育和发展以高新技术企业为重点的科技型企业。由于高新企业成立时间晚，发展速度快，导致该企业在治理环节出现一系列问题，阻碍高新企业发展，故研究高新企业的内部控制尤为重要，同时实质控制人性质不同会产生对内部控制的重视程度差异。由于政府补助对高新技术产业有所倾斜，政府补助在到达企业之后，在现有内部控制约束条件下使用的效率和效果是研究热点。　　本研究以在沪深两市上市的A股高新技术企业为研究背景，通过对内部控制、政府补助资金使用经济效益之间关系进行全面研究和深入探讨之后，首先结合国家现在实际经济状况以及相关文献与相关理论提出有关假设，即分为在无约束条件下我国高新企业的政府补助利用效率和在内部控制约束以及不同终极控制人约束条件下，内部控制对政府补助资金使用经济效益等假设；其次是对样本数据进行验证，文章以2010-2014在我国沪深上市的 A股高新企业为研究对象，并在筛选之后得到1488个样本，根据所做出的研究假设基础上构建实证模型进行并运用回归软件Spss.19进行实证分析，主要包括对数据描述与相关性分析、回归与稳健性的检验等方面，根据得到的结果进行最后总结。最后，通过分析和实证研究，得出关于内部控制与高新企业的政府补助使用经济效益研究结果，并在此基础上提出提升企业政府补助资金运作效率和完善内部控制的建议。