我国自改革开放以来，经济发展迅速，无论是国有企业、外资企业还是国内民营企业都分享着经济发展的硕果，当前中国经济在稳中求进的发展总基调下，依然在世界经济中保持着举足轻重的地位，吸引外资的势头强劲。据统计，世界500强企业中超过八成跨国企业在我国建司设厂，国内企业也纷纷放眼世界，投资海外。跨国企业基于各种目的，凭借着资本、区域联营、规模效应等优势，广泛运用着转让定价的手段达到在全球范围内效益最大化的目的。本文首先主要介绍了我国转让定价的税务管理和转让定价中的海关估价管理的基础内容，进而分析两种估价原则的差异与共通点。转让定价最初因利用国家间不同税制的差异避税而产生，但随着各国税制完善和国际间的合作加强，避税的目的性在逐渐减弱。同时，随着企业全球化经营的发展和企业管理的需要，企业转让定价逐渐成为开拓新市场、减少汇率风险、转移政治风险等目的的工具。我国税务机关的转让定价管理理论发展较晚，但是税务部门通过借鉴国际上的成功经验，遵循OECD《跨国企业与税务机关转让定价指南》的原则制定了一系列的法律法规，基本确立了我国税务机关转让定价管理的法律法规和行之有效的审查方法。而我国海关部门则遵循WTO《海关估价协议》的原则对部分进出口贸易重新审价。由于执行部门、遵循的法律规定不同，两者对于企业转让定价行为的认定存在着由来已久的矛盾，税务机关和海关之间也缺乏必要的沟通，矛盾协调与解决尚在探索阶段。企业要想避免被重新估价和双重征税，就必须深入研究这两种规则的相同点和差异，通过对规则的比较分析，完善转让定价方案，寻找能够为企业降低税务风险的路径。本文的另一大特点在于，采用案例分析企业在双重规则困境中的各种具体情况。最后，结合理论分析上的可能性和可操作性，为跨国公司减少转让定价税务风险提出若干政策建议。