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目的挖掘小柴旦盐湖的微生物种质资源,同时通过优化发酵条件提高Ectoine的产量。方法利用Illumina Mi Seq测序平台对小柴旦盐湖微生物群落中的细菌和古菌16S rRNA基因（V3-V5区）进行高通量测序,了解盐湖微生物的种群结构和多样性。分离小柴旦盐湖的微生物资源,进行嗜盐微生物的耐盐梯度实验。利用单因素发酵和正交实验获得Halomonas sp.X26菌株高积聚Ectoine的最优条件组合。结果基于高通量测序获得小柴旦盐湖微生物分类地位明确的细菌有18门24纲135属,古菌2门4纲22属,细菌的优势属群依次是芽孢杆菌属（Bacillus,21.53%）、Chloroplast-norank（6.65%）、海杆菌属（Marinobacter,4.05%）、海洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus,3.82%）、乳球菌属（Lactococcus,3.65%）和假单胞菌属（Pseudomonas,3.46%）;古菌优势属群主要是Woesearchaeota DHVEG-6（80.84%）、盐红菌属（Halorubrum,6.93%）、甲烷杆菌属（Methanolobus,3.78%）和Halohasta（3.14%）。通过筛选分离获得小柴旦盐湖嗜盐菌39株,以中度嗜盐菌为主。高积聚Ectoine菌株Halomonas sp.X26的单因素最适发酵温度为35℃,pH为8,NaCl浓度为1.5 mol/L,MgSO4浓度为0.1 mol/L,KCl浓度为0.25 mol/L,碳源L-谷氨酸钠浓度为0.03 mol/L,氮源酶水解酪素的浓度为12.5 g/L。以最佳单因素条件设计正交实验,获得Halomonas sp.X26菌株高积聚Ectoine的最优组合为Na+是1.0 mol/L,Mg2+是0.1 mol/L,K+是0.75 mol/L,L-谷氨酸钠是0.035mol/L,酶水解酪素为7.5 g/L,产量为491.19 mg/L,细胞干重为0.70 g/L。结论小柴旦盐湖微生物的种群结构复杂,类群丰富,可培养的种质资源较多,高积聚Ectoine的菌株亦较多。本研究获得模式菌株Halomonas sp.X26具有高积聚Ectoine的能力,优化发酵因素组合的前期研究可为后续应用研发提供理论依据。