2009年4月，中共中央、国务院印发了《关于深化医药卫生体制改革的意见》和《医药卫生体制改革近期重点实施方案(2009-2011年)》(以下简称《意见》和《方案》)。启动了新一轮的医药卫生体制改革。本文应用内部会计控制理论，结合S医院内部会计控制现状，研究了公立医院的内部会计控制问题。
　　 本文在评述了内部会计控制国际、国内研究现状，介绍了内部会计控制的含义及特征、内部会计控制与内部控制的关系以及内部会计控制的主要内容，说明了公立医院内部会计控制的理论基础上，以作者所在的一所非营利性的综合性三级甲等医院(以下简称S医院)为研究对象。本文运用理论分析、实地考察的方法，对S医院的内部会计控制现状进行调查和评估，对其中存在的问题进行分析。应用内部会计控制理论设计了公立医院内部会计控制体系，从五个方面提出S医院内部控制改造方案，试图探索一些完善基层中小医院内部会计控制的具体的可操作性的做法，希望能对相关单位如何强化内部会计控制起到一定的借鉴作用。
　　 本文的创新之处主要在于以下几点：一是结合了最新的医药卫生体制改革政策研究公立医院内部会计控制体系。二是以S医院为例，全面设计了内部会计控制体系。