随着经济的发展，我国对于制造业与物流业的互动越来越重视。促进制造业与物流业有机融合、互动发展，不仅有利于调整经济结构、转变经济发展方式，而且也是制造企业与物流企业的共同的需求。制造业的发展迫切需要物流业的支撑以降低运营成本，加强核心竞争力，分担经营风险；物流业的发展也急需制造业物流需求的大量释放。然而当前我国制造业与物流业的合作程度并不高，据统计调查，中国工业企业中原材料物流由第三方物流企业承担的比例仅为18%，产品销售物流中由制造企业自理、用户自理和第三方物流企业共同承担的比例分别为24.1%和59.8%,而由第三方物流企业承担的仅为16.1%。大多数企业仍然倾向于自营物流，而这也阻碍制造业的升级和物流业的发展。因此本文将共生理论融入制造业与物流业的互动关系中，以两个行业中的实践主体--制造企业与物流企业，作为研究对象，结合当前我国物流外包业务中制造企业强势，物流企业弱势这种制造企业处于主导地位，物流企业处于从属地位的现状，分析制造企业与物流企业组成的共生系统特点，总结出制造企业与物流企业的两种共生模式，根据博弈的思想剖析制造企业与物流企业通过不断的博弈和协调达到冲突目标整体最优的共生机理。基于以上的研究，本文将制造企业与物流企业的这种共生机理转化成主从博弈下的多目标二层规划问题，并且构建了处于主导地位的制造企业以物流成本最低作为目标，以物流业务的外包程度作为决策变量，处于从属地位的物流企业以收益最大化为目标，以外包业务的费用作为决策变量的二层规划决策模型；从外包物流的角度量化的研究、分析主从博弈下既合作又斗争的共生双方，如何通过不断的博弈与协调，优化他们存在冲突的目标以达到整体最佳状态。本文阐述了模拟植物生长算法的特点，在解决二层规划问题方面的优越性以及其算法流程，并将模拟植物生长算法应用于解决制造企业与物流企业的共生优化问题中。论文继而应用模拟植物生长算法在MATLAB中对合理化的算例进行求解分析，验证了本文构建的二层规划决策模型的应用可行性以及运用模拟植物生长算法的有效性，从而为制造企业与物流企业的合作优化问题提供了新的视角和方法。论文最后分别阐述了对于制造企业和物流企业的优化策略。