基于超高速离心浓缩技术的HBV低载量样本检测体系的初步研究

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背景和目的:乙肝病毒是我国主要的输血传播病原体之一。虽然目前在全国统一开展了核酸检测措施,但仍然存在一定的残余风险。主要因为部分献血者体内病毒载量极低,低于常用的多人份混样检测试剂的灵敏度,加之目前大部分进口试剂的设计不太适合国内的病毒流行株。针对目前出现的问题,本文主要目的是初步研究适合中国流行特征的HBV低载量样本的筛查/定量检测体系。方法:1、选定磁珠法提取体系的成分,通过正交设计表初步确定其浓度或酸碱度,主要包括GuSCN、蛋白酶K、异丙醇及PH;固定其它因素,优化单一成分浓度,最终确定提取体系各成分浓度:选择4种厂家的硅基磁珠,比较不同磁珠的提取效果;确定磁珠种类后,优化磁珠用量。确定提取体系后与成品化提取试剂盒(包括QlAamp(?)DNA Blood Mini Kit及MagPure Viral DNA/RNA Mini KF Kit)进行比较。2、在NCBI的Nucleotide中输入HBV、China、complete genome等关键词找到中国地区的HBV序列,经比对后在保守序列设计引物探针,引物扩增的PCR产物经PMD-19载体连接制备成质粒标准品并测序验证序列,计算质粒拷贝数,并稀释成不同浓度的质粒标准品,购买第三方标准品对质粒标准品进行校正,绘制HBV标准曲线,并用Probit分析计算检测下限,验证灵敏度、特异性等。将建立好的HBV荧光定量检测方法检测100例样本,并与罗氏cobas(?)TaqScreen MPX Test, version 2.0检测试剂盒检测结果进行相关性分析。3、用HBV阴性血浆稀释HBV标准品,制成低拷贝样本:固定离心时间,研究不同离心力与病毒回收率的关系:固定离心力,研究离心时间对回收率的影响:最后使用低载量样本对超高速浓缩技术进行验证并评估其应用价值。结果:1、提取体系的优化结果:GuSCN浓度2.0M,蛋白酶K浓度为0.89mg/ml,异丙醇35%,PH为8;磁珠的选择:A磁珠;磁珠用量:30ul。建立的磁珠提取系统在高、中、低三个浓度的提取效率与两种试剂盒比较均有统计学差异。2、建立的HBV检测体系引物探针特异性好,质粒测序结果完全吻合,标准品曲线R2>0.999,扩增效率为92.75%,线性范围为5.0x101-2.5x109IU/mL,95%检测下限为16.2IU/mL,批内重复变异系数为0.15%-1.11%,批间变异系数为0.91%-4.67%。与罗氏检测结果相关关系为y=0.916x+2.186,(R=0.96;P<0.001)3、当离心力在15000g-90800g时,HBV病毒回收率从41.43%增加至88.29%;当离心力在为90800g-138900g时,HBV病毒回收率相对稳定在80%-90%之间;当离心力在138900g-171000g时,HBV病毒回收率从88.29%下降至62.94%。离心时间为0.5h、1h、1.5h及2h时,其回收分别为88.31%、89.70%、88.40%、75.62%。运用浓缩技术后,发现8例cobas(?)TaqScreen MPX Test,version 20漏检样本。11、将超高速离心浓缩技术与本实验建立的HBV检测体系结合时,单个样本取样量不少于2ml时(N人份混检时,每个样本取2ml混合,共N*2ml),离心浓缩后灵敏度可达2IU/mL;单个样本取样量不少于4ml时(N人份混检时,每个样本取4ml混合,共N*4ml),灵敏度可达1IU/mL。结论:1、通过优化提取试剂成分及浓度,成功建立起实验室血浆HBV病毒核酸的磁珠提取体系。2、建立了适合中国HBV病毒流行特征的HBV荧光定量检测体系。3、建立了基于超高速离心浓缩的HBV检测方法,提高病毒检出率。
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