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Halomonasmeridiana(盐单胞菌属)是James等(1990)首次从南极盐湖(盐度从4‰~174‰)中分离出的一株耐盐的盐单胞菌属新种。此属的细菌多生活于极端环境中,既往有关此属细菌的工作仅限于分类和一些极端酶的开发方面,但在基因组学或蛋白质组学方面的研究尚未见报道。
本实验首先运用蛋白质组学技术---2-D和质谱技术对H.meridiana的外膜蛋白进行相关研究。由于在数据库中缺少与H.meridiana同属或亲缘关系相近种属的基因组测序结果,限制了依赖于大型数据库的质谱技术的充分运用,为鉴定工作带来困难,难以获得完全可靠的蛋白信息。
于是,我们采用了类似真核生物基因组研究的EST技术,通过构建HmeridianaDSM5425的基因组文库,进行高通量、大规模的测序工作,与数据库中已知的序列比较分析,得到了gap、sufC等有关基因的信息,随之进行克隆和表达。并在此基础上,着重对gap的功能进行了较深入的研究。结果发现,GAPDH酶活对不同环境因子的反应在H.meridianaDSM5425明显不同于副溶血弧菌和大肠杆菌K12;sufC在不同环境影响下其蛋白表达量也发生明显变化。这些发现为阐明H.meridiana等相关深海细菌的环境适应机制奠定了理论基础。
这些结果对基因组信息尚不清楚的深海微生物的研究具有较好的借鉴作用,为深海微生物资源的开发和利用提供了一个有价值的参考。