目前我国并购市场已成为仅次于美国的全球第二大市场,这也为并购基金的发展提供了广阔的前景。与此同时,政府也相继出台相关政策,支持和推动并购基金的发展。并购基金对于推动我国经济结构调整、推动国有企业改制和行业整合、集聚社会闲散资金、促进资本市场的良性发展起到了重要作用。然而在我国当前的经济环境下,单纯的依靠市场化的并购基金已难以满足产业调整和经济发展的迫切需求,由于企业的控制权难、融资渠道单一、退出渠道困难等问题的存在,单纯的依靠市场化的并购基金己难以满足产业结构调整和经济发展的迫切需求,因此政府急需寻求政府引导型的并购重组专项资金,发挥财政资金的杠杆放大效应,用以推动各行业产能结构的优化升级、加快国有企业改革、促进跨国并购以及加快中小企业成长,克服单纯通过市场配置并购基金的市场失灵问题。本文根据政府引导型并购基金有关的理论研究和实践经验,针对我国发展政府引导型并购基金存在的必要性和现实性,以及政府引导型并购基金的内涵和分类。在借鉴国内外的有关经验的基础上,把我国政府引导型并购基金的运行机制分为组织方式选择、融资机制、投资管理机制和退出机制四大部分。并结合政府引导型并购后整合基金的运行机制设计进行了举例分析。组织方式方面,我国政府引导型并购基金宜采用参股型的封闭式基金,实行独立事业法人制。融资机制方面,其资金募集方式主要是以私募的形式吸收权益性投资。退出机制方面,对于上市公司,可以综合考虑运用兼并收购、管理层收购等多种方式实现退出；对于非上市公司可考虑以IPO为首选退出方式,同时辅以兼并收购等其它方式退出。为了使政府引导型并购基金更有效率的运行,需要结合我国国情正确选择运行模式,可以采取先试点,后推广的形式。同时要大力培养和选拔基金管理人才、发展专业的中介机构、加强监管、完善利益分配机制、加快发展资本市场。