金融危机背景下，各国或地区纷纷将战略性新兴产业作为其发展重心以恢复经济活力，而战略性新兴产业的发展离不开对关键技术的知识创造与科技创新。作为技术创新的重要形式，产学研合作已经被提升至国家创新战略高度，是国家技术创新体系的重要组成部分。我国大陆地区产学研合作起步较晚，虽然形成了多样化的产学研合作模式结构，但是与先进国家或地区相比还是存在一定的差距。而台湾地区凭借产业集聚的优势，已经形成了独具特色的产学研合作模式，并以此培育与带动台湾地区新兴产业的腾飞。借鉴台湾地区的发展经验，对于我国大陆地区发展新兴产学研合作模式，提高战略性新兴产业发展水平有着重要意义。　　本文首先介绍了两岸战略性新兴产业的发展概况以及产学研合作的总体情况，其次对两岸战略性新兴产业产学研合作的模式与运行机制进行对比分析，并以台湾工业技术研究院为例介绍台湾地区产学研合作的实践模式。再次从发展历程及政策类型对大陆地区有关产学研合作的政策内容进行梳理，并从支持类型角度分析台湾地区有关产学研合作的政策法规，通过建立产学研合作的投入产出评价指标体系，运用数据包络分析方法对大陆与台湾的产学研合作投入产出效率进行分析，从而评价两岸在产学研合作上的投入有效性。　　研究结果表明，我国大陆地区产学研合作模式多样，但是产学研合作的支撑平台不够完善，导致合作机制运行不畅，进而影响产学研合作的效率。另一方面，我国大陆地区政府的科技投入总体相对较少，亦缺少针对产学研合作的具体措施与法规，也一定程度上影响了产学研合作的发展。因此，我国大陆地区要发展战略性新兴产业，必须不断优化完善新型产学研合作体系，着力重大项目的研发，加大人才的培养，提高产学研合作效率。