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背景与目的:长链非编码RNA HOTAIR是近几年被发现的一类长度超过200 nt且不编码蛋白质的RNA分子，在多种肿瘤组织中都呈现显著性表达上调。HOTAIR能够招募染色体重构复合物PRC2到指定的染色体位置，使得与肿瘤转移相关的基因表达上调，从而促使肿瘤转移的发生。本研究首次系统研究了HOTAIR基因座位功能性单核苷酸多态性(SNP)，及其与中国人群肝癌易感性的相关关系。
方法:本研究首先通过生物信息学手段挑选中国人群中HOTAIR基因的标签SNP，进而采用病例-对照研究策略分析上述SNP与肝癌遗传易感性的关系。在对性别和年龄匹配的肝癌病人和正常对照进行基因分型后，利用Logistic回归分析来分析相关SNP与肝癌发生的相关关系。针对HOTAIR基因内含子2区段基因表达调控区的一个SNP位点进行功能研究。设计克隆相关目的片段的PCR引物，将PCR产物连入T载体，双酶切pGL3-Basic质粒和上述连接有目的片段的T载体质粒，回收相关DNA片段后，利用T4连接酶连接，转化后测序鉴定，进而利用定点突变试剂盒将质粒SNP位点突变成不同的基因型。之后，将野生型和突变型报告基因质粒分别转染HepG2和SMMC-7721肝癌细胞后检测其双荧光素酶活性。
结果与结论:HOTAIR基因在中国人群中存在3个标签SNP，其中携带有CC基因型的rs920778与肝癌的发病风险具有相关性，相对于TT基因型使得肝癌发病风险增加了53％(OR=1.53，95％CI=1.02-2.29);位于内含子2启动子区的+2283T→C变异可能通过改变转录因子结合从而增强HOTAIR的转录活性。因此，HOTAIR通过表观遗传学的改变与肝癌的易感性相关。