癌症是世界范围内的一种恶性疾病,其中,肺癌与乳腺癌的发病率和死亡率相对较高,一直是研究的重点。研究方向包括癌发生机理与预防、存活期预测、药物治疗、药物靶点等诸多方面。目前在公共平台上已积累了相关的大量芯片数据和文献数据。整合分析技术可以充分利用这一资源,挖掘其中有价值的信息,进行合并再分析,得出新的结论,为进一步的研究奠定基础。本文的研究中,我们通过整合分析技术,特别是作用效果方法的meta分析技术,分别研究了肺腺癌的期级(stage)之间信号通路变化、Axl在癌旁中表达情况、及扩展到从信号通路分析结果中挑选出的CYP1A1基因的多态性与乳腺癌易感性之间的关系。寻找肺腺癌发展过程中的相关基因和信号通路对于理解其中的分子机制有重要作用。但是,目前很少有表达谱芯片数据的研究着眼于肺腺癌发展过程中信号通路的改变。我们筛选获得了4组芯片(353例样本),应用整合分析方法来寻找正常组织与肺腺癌各个期级之间的差异表达基因。最终发现了1838个异常表达的基因。我们从中挑选了部分基因,用realtime PCR和组织芯片加以验证。值得注意的是,很多来自同一个基因家族的成员也发生了表达改变。基因家族成员的相同趋势的表达改变可能说明肿瘤发展过程中的共调控。在富集分析中,我们发现脂肪代谢、节律及Id途径几个未在肺腺癌中报道的信号通路发生了显著性改变,其中的相关基因可能在肺腺癌发展中扮演重要角色。在期级之间信号通路分析中,氧化压力、糖酵解和整合素介导的细胞粘附这三个信号通路在IA期变化不明显,但是在其他期级的比较中是显著改变的,说明促进侵袭的基因和信号通路可能在预侵袭的IB期就激活了。而这一变化与肺腺癌的期级间的基于顺铂化疗存活期的差异有着高度的相似性。这三个信号通路未来可能应用于肺腺癌的早期诊断。我们的研究发现代谢相关的信号通路与肺腺癌的发展有紧密联系。肿瘤的代谢与周围的环境联系紧密,因此肿瘤的微环境对其发生发展有着重要的影响。细胞系水平的研究并不能真实反映体内的环境,因此,我们的着眼点选择了用DNA芯片对肿瘤和癌旁组织的研究,出于工作量的考虑,将范围缩小于少量基因,搜集了21组芯片数据,用meta分析技术同时考察了酪氨酸激酶受体Axl、配体Gas6及调控基因MZF1在肿瘤、癌旁和正常组织中的差异。最终发现,Axl在癌旁组织中的表达是显著高于肿瘤组织的,meta分析表明一致性非常的好,可信度很高,而正常组织与肿瘤组织的比较则存在很多不一致的结果,即meta分析反映出异质性很高。我们进一步研究发现,在癌旁中Axl的高表达预示着更好的勺预后,而相应的肿瘤中则没有发现这种关系。这给了我们一个非常重药的提示,癌旁中的标志性基因可能对肿瘤病人存活期的预测非常有价值。Axl未来可能成为一个预后的标志性基因。为拓展meta技术的应用及代谢信号通路对肿瘤发生发展的启示,我们选择了氧化压力途径中的一个重要基因CYP1A1,应用meta分析技术考察了其多态性与乳腺癌易感性之间有争议的结论。通过大量的文献数据的整理和meta技术合并分析,我们发现CYP1A1的一个多态性位点A2455G的G/G纯合基因型,在东亚女性或混合人种的绝经前女性中,在隐性模型和加和模型中,都有降低乳腺癌患病风险的趋势。而另一个位点T3801C则与乳腺癌患病风险无明显联系。这一阶段性的结论对发现乳腺癌发病的高危人群提供了一定的指导。