随着我国建设创新型国家战略的深入推进,各地方政府也结合当地实际加快推进区域创新体系建设,不断加大财政科技投入力度,然而,由于受传统计划经济体制的影响,我国地方财政科技投入存在着管理机制不完善、资金使用分散和结构不合理等现象,在一定程度上影响了地方财政科技投入效率。本文对地方财政科技投入效率评价的理论和对策问题进行了详细分析和研究,主要完成了以下工作：第一,在对地方财政科技投入效率进行界定和对地方财政科技投入主体和客体的功能定位进行讨论的基础上,从规模效率、结构效率和使用效率三个维度建立地方财政科技投入效率评价理论框架,并以此为依据,分别建立地方财政科技投入规模效率、结构效率和使用效率的评价模型,为地方财政科技投入效率评价提供了一个整体框架。第二,基于巴罗(1990)政府规模的内生决定理论框架建立了地方财政科技投入规模效率的测算模型,在此基础上对辽宁省财政科技投入规模效率进行了实证评价,并从经济因素、制度因素和观念因素对影响辽宁省财政投入规模效率的成因进行了分析。第三,以各项财政科技投入为解释变量、以产出作为被解释变量建立了地方财政科技投入结构效率评价的回归模型,然后分别按照预算科目分类、执行机构分类和研究性质分类对辽宁省财政科技投入结构效率进行了评价,最后对影响辽宁省财政科技投入结构效率的观念意识、管理制度和监督约束等因素进行了探讨。第四,在借助TOPSIS法建立剔出环境因素影响的改进DEA模型的基础上,运用该模型对辽宁省财政科技投入使用效率进行了测算,并对其进行横向比较和纵向比较,最后基于制度安排、委托代理和寻租行为的视角对辽宁省财政科技投入使用效率的影响因素进行了论述。