自然保护区在维护我国区域生态平衡、改善环境、保护自然历史遗迹和促进科学研究等方面发挥着重要作用。截止2012年底，我国共设立了各类自然保护区2669个，自然保护区总面积149.79万km2，约占国土总面积14.94％，其中，森林生态系统类型的自然保护区数量最多，达到1397个，占全国自然保护区总数的52.3％，保护面积达30.63万km2。随着社会经济的飞速发展和人口的急剧增长，人类活动对森林生态系统的压力日益增长，严重影响了森林生态系统的健康和可持续发展。森林类自然保护区的建立是学者和公众认可的保护森林生态系统的重要途径。随着我国森林类自然保护区日益增多，如何科学评估现状及其保护成效已成为制约保护区建设和发展的重要科学问题，合理的保护区生态质量评价可为我国自然保护区生态环境保护和管理提供一定的理论依据，还能促进保护区事业从数量型增长向质量型提升的过渡。　　本文在总结当前国内外对自然保护区生态质量评价的相关理论和实践研究的基础上，结合森林生态系统理论、生物多样性理论、景观生态学理论等基本理论，在科学性、代表性和可操作性等原则的基础上，构建了森林类自然保护区生态质量评价指标体系，并详细介绍了保护区生态质量评价过程中的七个关键评价指标，主要包括多样性、自然性、代表性、稀有性、稳定性、适宜性和外界干扰。同时，论文介绍了评价过程中主要采用的评价方法-层次分析法(AHP)和模糊综合评价法。　　通过以鼎湖山自然保护区为具体案例进行了该指标体系的实证研究，并得到鼎湖山自然保护区生态质量的综合评语值为0.4384，评价等级为良，即说明鼎湖山生态环境质量良好，这与鼎湖山自然保护区生态环境的实际情况基本一致，并结合评价结果对评价体系、评价方法进行了分析讨论，针对鼎湖山自然保护区主要存在的生态环境问题，提出了相应的生态恢复对策和管理措施建议。