直肠癌放疗敏感性相关的miR-93-5p靶基因的预测及其临床意义

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目的:结直肠癌(CRC)是我国最常见的消化系恶性肿瘤,其死亡率位于我国位于我国恶性肿瘤的第三位。其中诊断明确时有20%的患者已出现远处转移,失去了根治性手术的机会,其5年生存率大约13%。因此对于临床分期T3及以上或者N+的直肠癌患者,不主张直接手术治疗,而应行新辅助放化治疗。微小RNA(Micro RNA,miRNA)是一类高度保守、长约18-25个核苷酸、广泛存在于动植物中的单链非编码小RNA。作为单链非编码的小RNA分子,其主要作用位点为靶基因3’非翻译区(untranslated region,UTR),从而导致靶miRNA的降解或是抑制其翻译,表现为调节内源基因的表达从而调控细胞活动。近年来多项研究表明miRNA在多种癌症的发生、发展及转归等过程中发挥重要作用。同时本研究前期实验表明直肠癌患者血液中游离miR-93-5p的水平与直肠癌的新辅助放疗敏感性呈负相关,本文主要目的为探索miR-93-5p调控直肠癌放疗敏感性的分子基础,挖掘靶基因并探讨其参与直肠癌发生发展的可能机制及临床意义。  方法:(1)从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中收集与放疗敏感性相关的直肠癌临床数据集,用R程序语言中的limma程序包,以LogFold change绝对值>2,P<0.05为阈值,分别对其中的“肿瘤组织与正常组织”和“放疗后肿瘤组织与放疗后正常组织”的样本求差异表达基因,利用VennDiagramR程序包获取二者交集基因并绘制韦恩图,得到与放疗敏感性相关的差异表达基因集。(2)在miRDB、miRTarbase和Targetscan三个数据库中分别对miR-93-5p进行靶基因预测并取交集,得到可能受miR-93-5p调控的靶向基因集。(3)对两个基因集取交集得到可能在直肠癌受miR-93-5p调控并与其放疗敏感性相关的PLS1基因。(4)以PLS1的表达水平进行患者的生存分析和基因集富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA),挖掘PLS1的潜在临床意义及其分子机制。  结果:(1)PLS1表达水平与预后有显著相关性(P=0.01),PLS1基因高表达患者的预后显著劣于低表达患者。(2)年龄≥60的患者的预后显著劣于年龄<60的患者(P=0.0468)。  结论:PLS1基因作为直肠癌放疗敏感性相关miR-93-5p的靶基因其高表达是一种预后不良因子,可作为预测直肠癌患者预后的有效生物标志物。
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