本研究以成年健康绵羊为对象,研究其胃肠道细菌菌群多样性及丁酸产生菌的分布规律。选用5只成年健康的中国蒙古羊,无菌操作采集4个胃(瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃)、小肠(十二指肠、空肠和回肠)和大肠(盲肠、结肠和直肠)的新鲜内容物。采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(Polymerase chain reaction-denaturing gradient gel elctrophoresis, PCR-DGGE)技术、实时荧光定量(Real-time PCR, RT-PCR)技术和Illumina MiSeq高通量测序技术检测绵羊胃肠道细菌和丁酸产生菌,结果如下：1.PCR-DGGE检测发现,绵羊整个胃肠道细菌多样性较好。聚类分析和主成分(PCA)分析均显示来自胃、小肠和大肠的样品分别聚类在一起。胃和大肠样品的细菌多样性高,平均条带数分别为22.55条和27.80条,其中,皱胃、盲肠、结肠和直肠样品细菌多样性指数、均匀度和丰富度较高,皱胃为3.19、0.82、25.20,盲肠为3.27、0.84、26.40,结肠为3.28、0.84、26.80,直肠为3.40、0.87、30.2；而小肠样品细菌多样性较低,平均条带数为16.20条,且空肠样品细菌的多样性指标最低,仅为2.27、0.58和10。条带的克隆测序结果显示,11个测序条带的细菌分别来自厚壁菌门和拟杆菌门,包括未培养拟杆菌门细菌、未培养瘤胃细菌、未培养细菌、未培养韦荣氏球菌属、不动杆菌属和Lactococcus piscium。2.实时荧光定量PCR检测发现,绵羊胃肠道含有种类丰富的微生物,来自胃和大肠样品的菌群数量均高于小肠样品。厚壁菌门、乳酸菌、肠球菌和双歧杆菌的数量在胃肠道差异显著(P<0.05)；而拟杆菌门、梭菌类群ⅩⅣa、梭菌类群Ⅳ、柔嫩梭菌群、埃氏巨球形菌和溶纤维丁酸弧菌的数量在胃肠道无显著差异(P>0.05)。厚壁菌门的数量在十二肠和空肠中差异极显著(P<0.01)；而肠球菌和双歧杆菌的数量在皱胃和回肠中差异极显著(P<0.01)；乳酸菌的数量则在回肠中差异极显著(P<0.01)。3.Illumina MiSeq检测发现,共检测出557657条序列,平均每个样品有15933条序列；共获得16252个物种分类的OTUs(Operational Taxonomic Units),平均每个样品为464个OTUs;平均读长为252 bp。在门的分级水平上,胃肠道的细菌主要来自11个门的菌群,包括厚壁菌门(44.37%)、拟杆菌门(38.73%)、变形菌门(4.22%)、螺旋体门(3.36%)、广古菌门(1.84%)、放线菌门(1.60%)、疣微菌门(1.57%)、黏胶球形菌门(1.29%)、未分类门(1.23%)、软壁菌门(1.08%)和纤维杆菌门(0.58%)。其中,厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌群,并且在回肠中未检测出纤维杆菌门菌群。聚类分析显示来自胃(瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃)、小肠(十二指肠和空肠)和大肠(回肠、盲肠、结肠和直肠)的样品分别聚类在一起；且样品组间差异分析表明瘤胃与皱胃、瓣胃与皱胃、皱胃与空肠、空肠与回肠、空肠与直肠、回肠与直肠的微生物菌群差异显著(P<0.05)。Alpha多样性物种指数范围区间较大,物种观察指数的范围为157～749,赵氏指数的范围为190.44～882.38,艾斯指数的范围为200.28～863.39,香农指数的范围为2.55～5.33,辛普森指数的范围为0.01～0.27,表明胃肠道不同肠段中的细菌多样性存在差异,但与小肠样品相比,胃和大肠样品细菌菌群的alpha多样性较高。结论：①绵羊胃肠道中含有种类丰富和数量巨大的细菌菌群,厚壁菌门和拟杆菌门为主要优势菌群；且随着消化道部位由前往后的顺序,菌群的多样性呈现先高后降低再升高的趋势。②胃和大肠的菌群结构及组成相似,且瘤胃与皱胃、瓣胃与皱胃、皱胃与空肠、空肠与回肠、空肠与直肠、回肠与直肠的微生物菌群差异显著(P<0.05)。③胃肠道的肠球菌、乳酸菌和双歧杆菌等产丁酸菌的数量差异显著(P<0.05)。