林冠结构参数是不同尺度生态系统过程建模的重要变量。地面间接光学测量技术是获取林冠结构参数中应用得最广泛的技术，其中，半球面影像技术以其方便快捷，灵活，成本低以及适合大范围使用的特点，已大量使用于林冠结构研究。WinSCANOPY和Gap Light Anaylizer(GLA)是半球面影像技术后期分析中应用最多的两种软件，然而，由于两种软件在设计上和功能上都存在许多差异，且目前对于后期分析没有较统一且合理的操作规范，因此，分析结果通常存在显著差异。这种情况会造成不同地点的研究因为选用了不同的软件作分析而导致结果不能直接比较，进而使得各类模型的构建产生了严重的不稳定性。　　 本研究在2008和2009两年的生长季节，于广东省韶关市车八岭自然保护区植物群落一块2hm2样地获取一共500张半球面影像，并利用WinSCANOPY和GLA对其进行分析。在基本设置一致的前提下，WinSCANOPY利用自动和手动两种阈值选择方法，以及600，750，900三个天顶角分析数据，以对应GLA对不同林冠参数的分析方法。利用Kruskal-Wallis检验两种软件所得各林冠参数值的异同。　　 结果显示，当WinSCANOPY使用手动方法设置阈值分析时，两软件所得2008年的植物面积指数(PAl)，林冠开度和直接定点因子(DSF)的结果比较一致，但2009年的结果存在显著差异，而两年的间接定点因子(ISF)分析结果则相当一致；当WinSCANOPY使用自动方法设置阈值分析时，两软件所得两年的林冠开度和DSF结果相当一致，但PAl值的差异都非常明显，而ISF值只有2008年结果存在显著差异。另外，两软件利用手动选取阈值方法所得PAl年际变化率非常一致，但当WinSCANOPY使用自动方法选取阈值时，差异则非常显著；林冠开度的年际变化率只有在WinSCANOPY使用自动阈值选择方法时两软件结果才比较一致；林下光照指标的年际变化率则差异较大，只有当WinSCANOPY使用手动阈值选择方法时，两软件所得ISF才出现比较一致的结果。　　 此外，定制面积，阈值和天顶角是影响分析结果的重要因素。经比较，发现定制面积对林下光照指标的影响不显著，但对PAl和林冠开度影响显著；自动方法所得阈值一般大于手动方法所得阈值，且当林冠越稀疏，阈值大小对PAl和林冠开度影响越大，而对林下光照影响不明显；另外，林冠开度和ISF必然随天顶角的增大而减少，DSF则与天顶角大小关系甚微，而PAl大小的变化则与天顶角无关，但较小天顶角可以获得较准确的PAl值。　　 因此，对半球面影像后期分析的软件分析操作，有如下建议：(1)保证Mask，太阳辐射模型，GPS坐标等基本设置一致；(2)定制时应适当保留半球面影像外围部分，使定制面积略小于半球面影像的面积，；(3)尽量利用自动阈值选取方法计算林冠参数；(4)使用较小天顶角分析PAI，并使用较大天顶角分析林冠开度和林下光照。