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本研究以中国美利奴羊（新疆型）以研究对象，首次应用DNA测序技术分析和PCR-SSCP技术，研究了KRT27（第3、8外显子，第2、5内含子及其侧翼序列）、KRT31（第2内含子及其侧翼序列）、KRT36（第1、2、3外显子及其侧翼序列）、KRT38（第3外显子，第2、7内含子及其侧翼序列）、KRT81（第1、2外显子，第1、3内含子及其侧翼序列）、KRT85（第1外显子、第1内含子及其侧翼序列）等角蛋白家族6个候选基因17个位点的遗传变异，在中国美利奴羊（新疆型）群体中的遗传多态性；运用SAS8.1最小二乘分析研究其与毛性状（毛长评分、羊毛弯曲分、毛弯曲数、细度、体型大小、鉴定时体重与剪毛量等鉴定数据和羊毛纤维直径、毛纤维变异系数等测定数据）的关系，并分析了多基因聚合效应对中国美利奴羊（新疆型）毛性状的影响。旨在探索出与毛性状相关联的候选基因，为中国美利奴羊（新疆型）毛性状的改善以及绵羊育种工作提供科学依据。本研究得到以下结果：1．KRT31基因Q1位点存在CC、CD基因型，C为优势等位基因，占群体的70%；在51碱基处发生1bp插入；中国美利奴羊（新疆型）群体在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态，呈现中度多态；其与羊毛直径差异显著（P<0.05），因此KRT31基因可能作为绵羊毛纤维直径的一个DNA分子标记。2．KRT36-R3位点中存在三种基因型，分别为EE、EF、FF，F为优势等位基因，占群体的66％；在R3位点发现3处突变，即62A/-、63T/A、83A/T，通过对编码氨基酸序列分析发现，引起了氨基酸序列的错义突变；中国美利奴羊（新疆型）群体在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态，属于中度多态；其与羊毛细度、羊毛纤维直径差异显著（P<0.05）；KRT36基因可能作为羊毛细度、纤维直径选择的DNA标记。3．KRT38-S2、KRT38-S3位点中均存在MM、MN、NN三种基因型，S2非编码区中出现85bpG/A、95bpC/T两处突变；S3编码区中分别出现为93T/C、97A/C、111G/C、112A/T、126G/T突变位点。分别引起了异亮氨酸→苏氨酸、谷氨酸→天冬氨酸、甘氨酸→丙氨酸、丙氨酸→丝氨酸；突变导致氨基酸序列发生改变，这将有可能影响基因的功能改变；中国美利奴羊（新疆型）群体在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态，属于中度多态；S2位点与毛性状差异不显著（P>0.05），S3位点与羊毛弯曲数之间差异显著（P<0.05）；因此KRT38基因可能作为一个羊毛弯曲数选择的DNA标记。4．KRT85-W1位点中存在PP、PQ、QQ基因型，出现49A/A、210G/A、354G/A位点突变，分别引起了苏氨酸→苏氨酸、色氨酸→缺失、谷氨酰胺→谷氨酰胺；中国美利奴羊（新疆型）群体在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态，属于中度多态；其与羊毛弯曲数、体格大小评分、羊毛羊毛直径差异显著（P<0.05）；因此KRT85基因可能作为羊毛弯曲、羊毛纤维直径选择的一个DNA标记。5．中国美利奴羊群体中，经过基因聚合效应分析发现优良的合并基因型为26个组，其合并基因型效应明显的是FF-MM-PP型为优势基因型；EE-MM-PP、EE-NN-PQ、EE-NN-QQ、FF-NN-QQ、EE-MN-PQ、EE-MN-QQ等6个合并基因型组合，表现出最好的毛性状的候选基因组合。为进一步开展中国美利奴羊（新疆型）毛性状多基因聚合育种提供了一定的参考。