近些年来，我国政府及社会各界高度关注高技术产业的发展，但由于改革开放后的“不平衡”区域发展战略及区位差异，使中国东西部地区的高技术产业发展极不平衡。在东西部地区高技术产业研发投入差异化的背景之下，其各自能带来的产值贡献是否合理成为了研究高技术产业发展的迫切问题;另一方面，探寻影响东西部地区绩效差异的因素对于提高西部地区高技术产业发展水平具有重要的现实意义。　　 本文首先从国外有关高技术产业发展以及国内高技术产业边际效益的相关研究出发，对东西部地区高技术产业现状进行了比较分析，之后，构建出高技术产业投入与产出指标体系，并建立基于非参数估计DEA方法的产业边际效益评价模型。运用1999至2009年中国东西部地区高技术产业面板数据，测算出东西部地区高技术产业的技术效率、纯技术效率、规模效率以及全要素生产率，分析各地区高技术产业造成非最佳技术效率和规模不经济的原因。在此基础上，考察投入来源中的政府资金、企业资金、金融机构贷款以及规模变量，市场结构变量，绩效变量对东西部地区的高技术产业边际效益水平的影响程度，为探讨东西部地区高技术产业边际效益水平差异的影响因素提供实证依据。　　 通过以上研究，得出以下结论:①东部地区相对于西部地区的技术领先，在东西部地区纯技术效率值差异不是特别明显的情况下，主要体现在规模效率的领先上;②东西部21个省市高技术产业的技术效率和规模效率都是随着地区经济总体发展水平的提高而集中;③造成西部地区全要素生产率增加低于东部地区的原因是西部地区的技术进步率过低;④政府资金对东部地区的技术效率贡献度大于西部地区，企业资金、规模变量对西部地区的技术效率未表现出明显的影响作用，金融机构贷款、绩效变量对东部和西部地区技术效率均未显示出显著的影响作用，市场结构变量对西部地区技术效率的贡献度大于东部地区。