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首先，为明了口蹄疫病毒基因组的结构特征及其变异与结构、功能的关系以及系统发生关系，利用DNAstar和Clustalx程序进行了207个口蹄疫病毒基因组序列的同源性分析、多重排比，口蹄疫病毒基因组ORF大小有所差异，范围为6963-7120nt，编码2320-2339aa的多聚蛋白。核苷酸和氨基酸序列的同源性，7个不同血清型间＞77.6%和＞78.3%，本研究发现了可能和生物学功能相关的新的保守和变异区域，研究口蹄疫病毒RNA的保守性、变异性及其遗传变异对理解FMDV的感染、宿主范围和传播有重要作用。其次，根据口蹄疫病毒基因组序列，利用引物软件设计了覆盖口蹄疫病毒基因组的重叠引物，感染细胞中提取了病毒基因组RNA，采用RT-PCR方法分段分别扩增了基因片段，利用单一酶切位点，分别消化各扩增片段和载体，在体外分别进行构建。然后用人工合成基因法合成一段含有20个C碱基的基因片段，利用两端的限制性内切酶位点，将该基因片段连接成基因组全长cDNA分子。经PCR鉴定及全长cDNA测序，分别扩增出了各基因片段，全基因组序列测定结果也与原来的测序结果一致，证实成功构建了口蹄疫病毒基因组全长cDNA分子，并通过体外反转录的方法，拯救并获得口蹄疫基因工程病毒。再次，为了研究金四氧化三铁纳米粒子作为黏膜分子佐剂是否可以增强口蹄疫灭活疫苗的黏膜免疫应答。通过舌下接种方式，将口蹄疫疫苗和纳米粒子共同免疫小鼠，用ELISA法检测免疫小鼠黏膜部位IgA滴度，检测小鼠淋巴细胞增殖反应水平，通过流式细胞仪检测T细胞内IFN-γ和IL-4的表达量。与单独接种疫苗相比，加入分子佐剂后，可以诱导更高水平的黏膜IgA的表达及分泌，极大的提高了黏膜部位抗原特异性T细胞增殖反应以及淋巴细胞中IL-4的表达量。金四氧化三铁纳米粒子作为分子佐剂，通过舌下免疫后，可以有效增强机体对口蹄疫灭活疫苗的黏膜免疫应答，对于预防口蹄疫病毒的感染和清除体内病毒起到重要的作用。最后，为了探讨壳聚糖对口蹄疫病毒核酸疫苗免疫反应的影响。应用壳聚糖作为口蹄疫核酸疫苗递送载体，采用肌肉注射和舌下免疫Balb/c小鼠，并以肌注不同剂量核酸、灭活疫苗组和生理盐水组作为对照，分别检测不同疫苗免疫后的细胞和体液和局部黏膜免疫水平。肌注壳聚糖疫苗组和舌下壳聚糖疫苗组高的细胞和体液免疫反应，且产生与灭活疫苗相似的细胞免疫应答，RNA疫苗诱导体液免疫的能力更强，舌下壳聚糖疫苗组产生粘膜免疫。上述研究结果表明，壳聚糖具有一定的免疫佐剂效应，为获得更有效的口蹄疫RNA疫苗提供了新策略，但该疫苗的推广应用还有待于对影响疫苗免疫效果的各因素进行后续优化和研究。